第1节 PubMed基本检索在线视频

大家好

今天我们来一起学习一个

医学研究者常用的外文数据库 PubMed

Pubmed是由美国医学图书馆下属的

国家生物技术信息中心开发的

提供免费的Mdeline

与其他非Medline医学文献数据

主要是摘要数据

有部分没有版权限制的数据有全文

PubMed是医学常用的

也是最重要的外文数据库之一

这一堂课的主要内容是学习一下

PubMed数据库的几个基本检索功能

包括 自动词语匹配 短语精确检索

截词检索 和著者 期刊检索

第一个基本检索功能

是自动词语匹配

这是PubMed最具特色的检索功能之一

是一个智能化的检索过程

自动匹配的原理主要体现在两个方面

一是对检索词的匹配

对于我们输入的检索词

系统会自动匹配到它所对应的MeSH主题词

当用户输入的是词组时

则会自动将其拆分为单词

再进行匹配

另一个方面是对检索字段的匹配

根据用户输入的检索词

系统会自动匹配到所有字段进行检索

对应的主题词则会自动匹配到

MeSH主题词字段进行检索

下面我们可以通过一个检索实例

来看看自动词语匹配具体是如何实现的

例如 我们需要检索

有关阿司匹林治疗心梗的文章

通常的检索方式

是在检索框里输入检索词

“heart attack aspirin”

然后点击Search按钮

这时 系统就会反馈给我们检索结果页面

在这个结果页面的右下角

有一个Search details的窗口

这里的信息就告诉我们

检索词是如何在系统里进行自动匹配检索的

我们放大这个窗口的内容 就可以看到

我们输入的heart attack

系统会自动匹配到对应的MeSH主题词

并在主题词字段进行检索

并且将匹配的主题词 我们输入的关键词

以及拆分的单词 分别在所有字段进行检索

再进行AND运算

这就是PubMed的自动词语匹配功能

第二个基本检索功能是短语精确检索

短语精确检索的检索词通常是一个词组

检索格式就是对这个词组加一个双引号

短语精确检索时

PubMed会关闭自动词语匹配功能

直接将双引号内的短语

作为一个不可拆分的整体进行检索

这样避免了自动词语匹配时

将短语拆分可能造成的误检

从而可以提高查准率

现在我们同样以一个实例

来看短语精确检索的原理

例如 检索“traditional Chinese medicine”

这个是不加双引号的检索结果页面

检索结果有58000多条

再看看Search details窗口

系统将检索词匹配到对应的主题词

同时将主题词和检索词拆分成单个的单词

分别在All Fields检索

然后进行AND运算

大家再看看具体的检索结果

traditional Chinese medicine

这三个单词

不仅在一篇文章中的前后顺序会打乱

而且还有可能三个单词分别出现在不同的字段

比如traditional 出现在题名字段

而medicine出现在刊名等等

再来看看加双引号的短语精确检索

检索结果只有10000多条

数量上少了很多

再看看Search details的窗口

系统没有进行自动词语匹配

而是直接将双引号内的词组

放在所有字段检索

而从检索的结果中我们可以看出

traditional Chinese medicine

这三个单词

在文中既不会被拆开

前后顺序也不会变

这种检索功能可以使检索结果更加准确

通常用来提高检准率

第三个基本检索功能是截词检索

这个检索功能很多数据库都支持

只是不同的数据库

截词符以及截词规律可能有些不同

PubMed使用截词符号“*”实现右截断

主要用在单词左边部分一样

右边词尾有些许变化的时候

例如很多英文单词的单复数

不同时态或者不同词性

遇到这些情况我们就可以用截词检索

而不需要将这些单词一一列出

例如 我们输入“gene*”检索

系统反馈给我们的结果

就会有gene genes generation等等

第四个基本检索功能 是著者 期刊检索

这两种的检索方法比较相似

均有多种检索途径

第一种方法 通过字段限定检索

就是直接在检索词之后加上[字段符]

作者字段是[AU]

刊名字段是[TA]

例如 在检索框中输入Smith SR[AU]

可检索出著者为Smith SR的文献

输入cell[TA]

就可检索出刊名为cell的期刊

这里需要特别说明一下

PubMed对于2002年及以后的文献

可实现对姓名全称的检索

而且姓和名的前后顺序不限

第二种方法通过高级检索

“Advanced”中的字段限定功能

打开PubMed高级检索页面

就会显现高级检索的检索框

可以实现字段的选择

和多个字段的逻辑组配检索

大家点击这个向下的箭头

就可以打开字段列表

找到著者字段author或刊名字段journal

就实现著者和期刊检索

第三种方法

直接利用PubMed的自动词语匹配功能

直接在检索框里输入需要检索的

著者姓名或者期刊信息

例如刊名的简称 全称 或者ISSN号来进行检索

当然 自动词语匹配是进行所有字段的匹配

所有检准率会有一定的影响

尤其是对于一些刊名很像关键词的期刊

例如Cell Science等等

用这种方法检索的话 误检率会比较高

另外 PubMed平台有一个期刊库

在首页的“Journals in NCBI Databases”

进去可以查找PubMed收录的刊

今天的课程就不详细展开这部分内容了

感兴趣的同学可以自己试一下

这次课程就到这里了

谢谢大家