GAMESS程序的使用实验在线视频

同学们

我们今天要来讲GAMESS程序的使用

那么其实GAMESS程序有很多种版本

今天我们要来练习的是我们在MAC上的

MAC上面基本上跟我们通常的这个机器

Linux系统下面是差不多的

那么这个程序可以在这个网页上

去下载

但是需要那种注册下载就可以了

GAMESS程序输入

格式是很简单的

实际上是

采用一个假名表的一种形式

里面就大部分只有格式

它有关键词或者关键词等于一个选项来组成

当然也有些是自由格式

也有些是需要有格式的这个输入

那么我们以具体的例子来说

我们来看一下

它是这个$服务地方启动了

名字我们称为是一个假名表

fortran语言规定的这个是一个&符号

现在我们一般都用$符号来表示

所以我们称为这个假名表

那它里面有这种

关键词和等于一个选项的一种处理

当然也有一些直接写一个关键词的也有

那么在这里面

CONTRL是一个必须要的一个东西

然后也有这个SYSTEM这块东西

就它是可以控制这个作业的

这个时间啊需要的内存啊等等这些东西

这个我们就不再来一个一个来细展开这个程序

我们在课堂里面会具体来讲这些东西

它里面有格式是这个DATA这个部分

这部分它是跟一个标题

然后输入这个对称群

如果是C1的话

就下面不空行

除了C1群以外

我们都需要空一行来做这个东西

那么它这种有格式的这种名表

开始我们有一个结束为是一个END的这个形式

那么我们现在这个作业是用来优化这几何构型

我们的体系是一个CH2的一个体系

来做这个东西

这是我们今天要练习第一个例子

那么第二个例子是

我们要来做这个IRC的这个计算

这是GAMESS程序里面

用的比较多的一个功能

然后我们第三个例子是要做

多参考态的这个计算

在这里面我们是需要

输入这一些多参考态的一个东西

但是这里面还有一个关键词叫MPLEVL等于

这个东西干嘛用

这个东西是主要来做二级微扰

所以实际上就等于是

这样的一个计算组成的时候

我们通常讲到了这个CASPT2的

一个计算方式来做这个东西

那么在这里面我们

决定这个活化空间的位置

就等于是这里面有八个活化电子

然后空间有六个活化轨道来组成这个

具体的计算

那么在这里面我们还有一个作业

就等于是在GAMESS程序里面一个

非常用得多了一个算法

就等于是一个MOROKUMA的方法

可以来做这个能量分解

这个是别的程序做不了的

现在只有GAMESS程序可以来做这样的一些计算

那么下面我们在

开始来做这个作业

这个作业就需要跟

一般我们现在MAC上做就跟Linux的系统一样

这个地方就是我们可以通过这个终端的这个方式

来做构成这个文件

那么我们在终端下面进入到

这个GAMESS的这个目录里面去

有进入这个目录以后

我们要来把这个文件如何来输入

把这个文件直接拷贝

拷贝以后

我们可以在这个地方

我们可以构成这个作业

比如说在命令上

我们可以用vi的命令

把它定义为一个作业1

来做这个这个东西

然后我们可以给它粘贴到这个地方来

这样的话这个文件就已经生成了

那么我们粘贴过来以后需要给它保存

保存的话就等于是保存完了以后

第一个作业的这个文件就生成了

那么GAMESS运行是很简单的

其实就等于是我们用一个./gms jobs.inp

一个批处理的一个命令就可以来做

那么后面输进去的是一个作业的一个输入文件

就可以

一回车的话

然后要保存这个结果文件就等于job1.log

那个我们一回车的话

这个作业就开始做了

等到这个窗口出来以后的话

就这个作业就已经完成了

这是我们看到这个第一个作业

这个作业结果文件

我们在这里面也不再来细讲

因为这个是比较简单优化

几何构型的一个东西

那么我们下面要来做的这个作业就等于是

要来做这个IRC的作业

那么我们也可以把IRC的这个这个作业

这个东西给它拷到我们里面来

那么拷过来我们可以给它取个名字叫

jop2.inp的话就可以了

那么我们可以给它粘贴过来就可以了

这个粘贴过来

这里面拷还不够

因为还有一页上也有这个东西

这里面就是这个输入文件里面

还需要这一行内容可以来到这个地方来

录进来就好了

那么我们现在

把这两页东西粘贴过来以后就可以

做IRC的这个命令就等于是这个一个命令

这是IRC的这个一个名表

就这个名表里面

在这个作业

我们要让它做50个点沿着IRC走50个点

然后后面输进去是它的这个力常数矩阵

像这样的力常数矩阵

是做IRC里面必须的一个东西

那么有了这些东西以后

我们就可以给它保存到这个里面

保存完了以后

我们下面可以来运行这个作业

那么这个运行这个作业我们

可以通过这样的一个命令

就跟刚才一样

那么它就变成jop2这个东西

这样的话我们

来看一下这个结果文件

我们是否已经做完了

在这个结果文件里面可以

看到就是IRC上的各个点的这个变化的情况

这是我们回到前面来看一下这个点

就在这个地方就可以看到就是

IRC走的一个点的位置

它其实就只走了几步

它这个能量

对坐标求导式已经是满足这个条件了

所以这个作业就正常结束了

这是这个结构稳定的一个

我们可以看到的东西

那么我们也可以再回到刚才这个

PPT来看这个

我们后面要来做的这个作业就行

但我为了节省时间

我不一个一个来重复来做这个东西

我们可以来做一下这个

最后一个作业的这个情况

那么我们有了这个以后

跟刚才操作是一样的

我们可以来

我们可以把它取成这个叫jop2的这个作业

那么我们可以给它保存到这里面

保存完这里面我们要按一下esc的话

这个插入这个状态就取消了

那么我们可以给它保存

保存完了以后

就跟刚才我们运行这个作业命令是一样的

好这个作业也做完了

我们可以看到这个结果文件

就等于是我们翻到最后就好了

然后可以从这个地方来看这个

我们得到的这个结果

那么在这里面主要看这个结果文件就在这一块

就等于是结果已经做完了一个

那么在这里面

ES这个能量叫尽量相互作用能

这个能量是-14.02千卡每摩尔

然后还有一部分叫交换排斥能

是这个东西是8.98

那么我们可以把这两块的东西加和

统称为是ESX的一个能量

这是我们在很多文献里面可以看到这个词

那么下一个

第三项我们看到是一个极化作用能

叫PL这一项它是-1.12

然后还有电荷迁移

叫CT部分是-2.37这样的一个东西

当然还有一部分是

我们没有办法给它分出来的部分

称为是一个miX部分

那么有了这以后

我们可以得到分子之间的一个相互作用能

当然在这个结果里我们还可以细分

就是电荷迁移可以分到这里

MON=1表示是从分子的第一部分迁移到第二部分

对这个电荷迁移对这个总能量的贡献

这个要比分子2到分子1的这个

迁移的能量贡献要小

所以第二部分是主要的一个贡献

另外一个我们可以看到

是这个极化这种大概这两部分做成的东西

看起来这总的是构成一个千卡

但这两个差别就没有这么明显了

所以这是我们GAMESS程序里面

我们用的最多的一部分

因为其它程序我们做不了这样的一个作业

当然这种作业我们现在

的程序只能用到Hartree Fock这种水平上

但是实际上对这些相互作用能

Hartree Fock跟DFT的分解出来

这些东西大概出入不会太大

所以我们这个还是有用的

当然我们也可以用到***里面

这个就不是我们现在要来讲的内容

我今天就讲这么多

谢谢大家