生殖大数据检索在线视频

大家好

我给大家带来的课程题目叫《生殖医学相关数据库使用技巧》

在讲解过程中

我会拓展分享更多的数据库与使用技巧给大家

目的只有一个就是使大家能高效率的进行数据分析与挖掘

提醒大家本节课后会有彩蛋分享给大家

今天我会带着大家以问题解答的形式来展开这堂课

当你刚开始读研究生的时候

入科之后你的导师可能会给你安排一些课题相关的任务

比如问你这样的问题

这些问题对于刚入科的你可能是很陌生的

也很挑战的但是不用怕

今天我会带着大家来一一解答这几个问题

那么我们先来看第一个问题

那么这个问题呢

其实有三个主题词

分别是冻胚移植 子痫前期 大数据

遇到这种问题

我们最先想到的要查的一个数据库便是PubMed

在搜索框里输入上述主题词进行检索即可

这里有个小技巧

主题词加上双引号的话

搜索结果会更精确一点

结果如右图所示

你可以按需设置更多的筛选条件

比如文章类型RCT Review等

这里还能看课题热度如图所示

关于这个话题最近三年才开始有大量文章发表

这可能主要是由于2016年我们团队在新英格兰医学杂志上

的文章引起了该领域的研究热潮

大家可能看到我的这个搜索结果里

针对杂志 发表年代 影响因子及中科院分区等有五颜六色的标识

你可能会问这是怎么实现的

其实这是浏览器的一个插件

今天分享给大家

它叫Scholarscope

借助这个插件你可以筛选高影响力的文章优先阅读

有的时候呢

当你遇到网速不好的时候

登录国外的网站可能比较费劲

也有个别同学英语基础稍弱

阅读英语效率很低

这个时候该怎么办呢

今天我也向大家推荐一个国内的可以媲美

Pubmed的数据库GeenMedical

这是检索界面

这个数据库更符合国人的使用习惯

比如我们输入相同的关键词

所获得的搜索结果与PubMed相差无几

而这个数据库加入了更多的适合中国人使用的元素

比如文章分类更细

有指南

也有大家关注的影响因子分区

还有F1000专家荐读文章

而且结果可以导出到Excel里

这样的话

就可以对搜索结果进行更好的分析

通过词云等工具

找研究热点

除此之外

这个数据库还带了免费下载功能

因为它嵌入了目前最流行的

SCI-HUB数据库资源

该资源是当下非常好用的

免费获取文章的途径

你也可进入SCI-HUB官网

输入你想看文献的网址

或者PMID号或DOI号

你就会很快获得pdf版文章全文

其实这个网站的功能不仅如此

它即能进行国自然基金的检索

也能帮助你在投稿时选择期刊杂志

还有医学头条新闻等

更可以进行文献翻译

今天我们以文献翻译为例

点击看一下它的功能有多强大

点文献翻译

它会弹出来一个翻译的界面

那么通过这个界面

我们可以直接复制要翻译的文字进来

或者直接拖拽PDF文件进来

网站可以自动提取全文进行多语种翻译

是不是很强大很方便

至于翻译效果那还请自己结合原文进行审校

今天再分享给大家一个新的基于人工智能的在线翻译网站

当然也有本地版

个人感觉效果比较好

翻译的非常地道

随着向科大讯飞这样的国内企业的快速发展

语言慢慢的不再成为我们交流的障碍

但是在英文期刊占据国际主导地位的大环境下

还是建议大家多读英文原文

不要过度依赖翻译软件

这样对大家的写作会有意想不到的帮助

说完前两个主题词我们再来看第三个主题词

大数据

那今天呢我将重点介绍这四个存储海量大数据的数据库

供大家去检索使用

第一个Arrayexpress是欧洲的数据库

目前收录了24万余份实验功能基因组学数据

涵盖面非常广

我们以冻胚移植为例

检索会获得六份数据等待我们去查看

我们点开第一份数据

这个3655之后呢

你会看到这份数据的详细信息

比如发布时间 物种是人的

然后有样本的详细信息

还有所用的芯片类型

还有Protocol及详细的实验方案描述等

最下边儿的file

就是可以免费下载的所有原始数据

下载原始数据之后就可以用于后续的挖掘分析

第二个数据库是SRA数据库

是专门儿用于收录公开发表的高通量测序数据

很多杂志要求投稿文章中涉及测序数据时

需把原始数据上传到这个数据库以获得一个ID

然后才可以投稿

数据库主页会告诉大家如何上传如何下载如何使用这些数据

那么我们以子痫为例

检索会发现有1000多条儿子痫相关的测序数据

你可以根据你的需求进一步设置筛选条件

比如你只要想看双端测序数据

那你就点paired end即可获得数据列表

按需下载即可

当然下载成功的原始数据分析需要大家掌握一些技能

我会在第二小节中分享

第三个数据库就是著名的GEO数据库

这个数据库也是一个功能基因组学的数据存储平台

首页也有上传下载等使用教程

推荐给大家的一个主要原因是这个数据库可以自动在线分析

比如我们以冻胚移植为例

搜索后会获得87份数据

其中第二份数据为冻胚移植胎盘miRNA表达数据

我们很感兴趣

那么我们点开之后呢如图左侧所示

会有详细的实验描述

实验设计信息以及已经发表文章的信息等

图右下角txt文件是供大家免费下载的基因表达矩阵信息

有的同学可能会下载

但不会后续挖掘分析

这个时候

你可以点击Analyze with GEO2R进行在线分析

点开之后界面如图所示

你可以设置分组信息并按需选择样本

点Top即可获得前250个差异基因列表

当然你也可以Save all results

点击之后

会显示差异基因列表信息

我们以miR7150为例

点小三角

会出来每个样本的表达图一目了然

这样用起来是非常方便的

大家自己去尝试一下吧

接下来这个数据库呢

是我们中国自己筹建的一个数据库

正在发展阶段

可能数据还没有像GEO ArrayExpress那么丰富

但是它有一个特色资源模块

还是非常实用的

是国人自己建设的

以EWAS data为例简单介绍一下

点开之后呢

会进入另一个界面

这个数据库收录巨多的甲基化数据

涉及面非常广且更新很及时

搜索子痫前期会发现有179条数据

你会发现很多都有一些GSE编号

即可以跟GEO数据库对接

也可以直接在该数据库下载原始数据或者meta数据进行分析

针对问题一呢算是一个热身

请不要走开下面内容更精彩更实用