3.5.8 The operation of homology modeling（5）在线视频

前面已经

通过同源模建构建了这个

提问序列的保守区域

loop区补齐了它的侧链

同时对它的三维结构进行了评价

那么得到了一个较为合理的

蛋白三维结构

接下来这一波操作流程

我们就来验证一下

三维结构是否合理

验证一下这模型是否合理

采用的方法

把我们构建得到的蛋白三维结构

与它蛋白晶体库的三维结构进行一个匹配

但它的一个匹配度是否高

从而来判断同源模建的一个准确程度

首先把我们构建好的

这个三维结构导入到这个本质区域里面

在home里面

我们可以看到model s6-1

如果之前大家没有退出至上一步的界面

可以记得我们已经把这个界面

放在了molecule area里面

对吧

第二步我们将获取它的蛋白

就是说蛋白的三维结构的晶体结构

可以直接从

上网得到retrieve PDB

我已经从网上下载来了

可以直接导入蛋白的一个晶体结构

选择它的一个文件夹的位置

就是2BOK这个PDB

点击OK

导入到这个MOLECULE FILE2 我们就可以看到

这个晶体结构明显的

多了一些部分

那么同时有水

这个链也相对长一点

因为它里面除了A链还有一个L链

那么同时有水分子

所以为了更好的匹配

看他们的相似程度

我们就把它的L链和水给去掉

那么只保留

跟他氨基酸序列一样的这个A链

怎么操作呢

首先选择原子

我们选择到2BOK

那么把它的水分子全部选上

然后把他的这个L链全部选上

点击OK

把这种选上的这些原子给去掉

你看到它干净了不少

但是这个时候他们两个还没有进行比较好的叠合

这个时候下一步的操作就要基于同源性

将这两个三维结构进行一个叠合

怎么操作

我们在这个biopolymer里面

我们有一个compare structure

我们可以点击align structure by homelogy

我们把目标的这个蛋白设定为一个固定的reference structure

把molecule 2也就是刚才的蛋白晶体结构

甚至成为movable structure

然后进行叠合的方式是基于α-碳的一个叠合

我们可以点击align structure

这个时候就看见两个进行了叠合

那么初步看间隔和效果还不错

但是这个时候想获得进一步的信息相对而言就较为困难了

我们想判断在保守区域它叠合的是不是很好

α-螺旋β- 折叠叠合的很好

这个时候

我们就要把它从原子的显示类型转换成一个基于二维结构的显示的类型

怎么操作

我们首先选择所有的原子

那么在这个像飘带的这个按键

让它快速的用tube的形式

然后显示我们点击这个时候

那么这两个蛋白

就全部用tube的形式显示出来

那么这时候为了更好的看它的这个飘带的这个形式

我们把他的这个原子给去掉

这个时候我们就看到原子已经没有

我们只看到这个飘带

为了更好的区分

我们把我们的目标这个序列变成一个橘红色

我们可以点击On还是off

我们就可以看到我们目标序列到底是哪一个

一旦看到他是这个消失的

我们就可以把它点击选中

在这里点右键

我们就可以把它选择

橘红色

这可能是操作的有问题

这个时候无所谓

我们再来看我们的目标序列

现在是绿色

我们把2BOK变成了橘红色

通过点击这个看到目标序列是绿色

从这个上面可以看到

他们的二维结构

蛋白的二级结构或者三级结构匹配的是否良好

从图中我们看到绿色和橙色的这些大部分地方都是匹配良好的

包括α-折叠

β-转角

但是局部的地方

那么还是出现了一些问题

这些很有可能都是在

一些loop区或者一个gap区

里面存在一些问题

这些区域

我们就要考虑了它到底是不是存在在保守区域

或者结合范围位点范围内

如果不是就没必要去深究

但如果是的

就要针对这一块进行相应的修改了

目前而言

我们通过同源模建构造的这个蛋白三维结构

不论是通过这个数字

图形或者量化的形式去评价

还是通过看图形的角度把它变成这个二维结构

进行叠合匹配的角度

都是较为合理的

以上的所有操作就是我们同源模建

构建一个蛋白三维结构

一旦到我们确定这个结构是合理的

我们就可以利用它来进行下一步的基于受体的构效关系研究了

谢谢大家