3.5.5 The operation of homology modeling（2）在线视频

关于同源模建前面两个步骤

我们已经进行了

同源序列的一个搜寻

以及比对的相关的工作

接下来就要进行同源模建的核心步骤

就包括构建它的一个保守区域

首先看一下

怎么样去构建一个目标蛋白的保守区域

这有几种方法

如果刚开始大家直接通过fugue这个模块

我已经运行好了

那我们可以在这个里面直接点击

比如说点击fugue

view fugue result

可以在这个地方直接点击run orchestrar进行一个运行

如果说我们已经把它全部都关掉了

那我们可以直接打开这个orchestrar这个命令

model protein

bioploymer

model protein直接打开orchestrar

那么这个时候它会出现这个对话框

在这里面我们建立一个新的project

在这个地方我们可以选择fugue run result

那么其他的这几种也可以

但是我们本例主要是谈这一个方向

那我们点击那么import

那么在这个里面我们叫搜寻我们之前

跑完的fugue run的这一个文件

我们点击这里

进行相应的选择

就在home的文件夹里面

通过时间排序

就可以点击OK

这个时候他就能够展现出来

他们的家族以及它的一个同源程度

以及它的确证

就是说定性的一个确认

它是否是同源的参数

我们选择这个同源性较好的这一类

进行操作的演示

我们点击这个排行第一的

点击imports

稍等一下

导入这个同源的序列

可以看到

屏幕后面会出现

各种各样的蛋白的一个三维结构

在这个信息表这一块

它就不停的在创建这种各种各样的蛋白结构

那我们时不时的应该关注一下这些信息

这个信息栏这一块的更新

当我们导入完这一个家族以后

我们就可以看到这里已经有它相应的信息了

那么在这个基础上

我们就可以开始构建它的蛋白的一个保守区域

这个地方一亮就可以点击

我们点击这里

弹出了两个对话框

一个对话框啊代表的是他保守区域的

构建保守区域的一个交互的窗口

那么这个是一个序列的比对窗口

去看看序列的比对的结果

我们可以看到

那么在这一栏里面其实有很多这个蛋白

有这个相似程度

他们用不同的颜色标识

然后标明了它的一个相似程度的参数RMSD的参数

在这里我们把相似程度较弱的去掉

我们只用相似程度较好的去构建这个模型

那么点击这个百分之ID就是一致性

只选取前排名前五的相似程度的序列

那就是说1KIGH

1FXYA

1PPB

1BBR和2TBS然后我们选择反选

把剩下的这些相似度不高的

我们把它remove掉

点击yes

只保留了五个同源性较高的这一个序列

进行这个保守区的一个构建

在同源模建的时候

我们是把目标序列跟已知序列的三维结构

利用已知序列的三维结构去构建未知序列的三维结构

所以说在这一块我们是应该基于

三维结构进行它序列的一个叠合

在获得了这个高一致性的这个蛋白的基础上

点击根据它的一个结构

进行一个ALIGN BY STRUCTURE 进行一个叠合或者一个对齐

以便于我们构建正确的

这里就直接点击yes

那么它就是叠合好了

那我们就要基于结构去进行叠合

那么以便于我们正确的构建它的三维结构

那么假设如果这一个蛋白晶体结构有配体的话

那么鉴于

配体跟受体结合的部位一般都是它的

活性位点

活性位点往往是他的一个保守区域

所以说如果有配体在里面

那么这些配体也要经过相应的处理

怎么处理

我们看一下这里

就有一个manage ligand

这一个或者辅酶因子这一项我们点击

点击以后就可以在这一栏

也就是说这个list

看到这个可能包括的配体和辅基

他的名字以及它在哪一个文件里面

它的类型L代表league

那么M代表metal

C代表cofactor

一个辅酶

W代表water

同时在这里面进行相应的一个选择

举一个例子

我们看刚才的类型

我们可以在这里面把它选成O

我们可以看到M代表1个什么

刚才虽然我们只显示了ligand对吧

它只显示了BEN26

这个时候如果把它全选O的话

它的metal金属原子和water都选出来了

在这个里面

我们主要的是针对他的一个

ligands进行一个选择

所以说我们把这里又变成它的ligands

还有值得注意一点

还要考虑到它存在一些金属的相互作用

所以说我们在这里还是选择O

然后把ligands和metal这个全部选中

要把这两个因素考虑在模型中

那么就要点use selected in model

要把这个全部考虑到我们建立的这个保守区域中间

然后点击OK

就把它的根据结构进行了叠合

同时考虑到了它的配体

和它的辅酶啊

或者金属可能

跟他的这个保守区域相关的

这些因素全部考虑在内了

那么接下来我们就开始要构建它的一个结构的保守区域

在这一块我们就点击bulid scrs

这个时候他就开始运行了

经过一段时间的运算

这个构建这个

保守区域的工作就已经完成了

我们可以看到还是两个表格

一个序列的和这个保守区这个表格

其实他已经帮我们选择了最佳的模型

当然这里面有C1、C2、C3、 C4

它这个F4它已经选择了我们所需要的这个模型

他们可能就认为最好的这个模型

同时他跟我们说了模型的一个状态

一个残基有多少个gap

有多少个侧链

根据这个因为

我们还有丢失的这么多信息

接下来我们要把这些信息给补齐

为了去补齐

或者修复同源的这个保守区域

那我们首先我们要知道他哪里存在着一些

不合理的现象

所以说我们其实这个软件也给了很多方式

让我们去看

比如说我们可以看

不正常的肽键的长度和C-C的长度

可以在这里点击check distances

它就可以显示出来

黄色的代表的是在一个gap的一个两端

那么红色的被标记出来的

可能他有点在不合理的范围

而蓝色的标明的它是在可接受的范围之内

我们通过这个就可以初步判断一下

哪些地方跟你存在着一些

不合理的情况

同时我们可以看一下扭转角度

同样的红色可能不是很合理

黄色的代表它就是中间档次

蓝色的就代表它是一个在可接受区域或者比较理想的一个位置

从蓝黄红那么到红色

就要考虑一下他适不适合

我们同样看看它的一个冲突

一样的也是

蓝色代表合理

红色代表不合理

红色有明显的为主

黄色代表它存在一个可能的空间为主

我们通过进行基本的调查

通过以上的这个步骤

我们就构建出了一个同源模建蛋白

根据已知蛋白的三维结构

同源蛋白的三维结构

去构建未知序列的一个蛋白的一个保守区

下一步我们将要构建它的一个loop区