4.3.3 Comprehensive case III -Operation（2）在线视频

同样的还是要保存我们的pls分析

那么回到主界面上看

我们的R2等于0.884

然后就可以结束了我们的pls计算

点击end

将我们的这个表单

保存成comsia的测试表单

点击OK保存

我们就可以把这个表单关闭了

然后打开我们comsia的原始表单

然后来计算我们的预测值

点击右键

找到predict

然后在predict里面我们要选择recall another的

来自我们桌面的文件点击OK

然后在这里选上我们上一步的comsia测试表单

然后找到我们计算R2时候的2.pls点击OK

那么对我们的新的一列命名为pre

点击OK

我们的预测值结果已经显示出来了

为了更直观的去表示我们的结果

我们可以计算一下我们的预测值与

实际值之间的一个差值

选择functional data

然后在里面输入我们的公式

Pre-PIC50

点击OK

最后我们的差值也算出来了

我们可以看见我们所有的差值

都没有超于1

那证明我们这个模型的建立相对还是比较成功的

将我们的整个结果保存下来

点击save as

然后保存成comsia结果文件

点击OK

那么当我们的comsia计算结束之后

我们可以来检查一下

我们comsia五个场不同的等势图

我们首先将我们的结果表单关闭

然后打开我们的comsia预测表单

comsia test.tbl

点击OK

我们点击qsar

view qsar里面选择comsia

就可以看到我们的等势图了

可以看到它出现了五个不同的场

首先我们来观察一下我们的立体场

绿色的80%

黄色的20%

表示当绿色出现的时候

我们有体积大的基团

在这个位置上对我们的活性提高是有一定的帮助的

我们将这个钩钩取消

它就会显示在我们的主屏幕上

然后点击show and quit

同样的将我们的化合物38活性最好的一个化合物

也放在我们的主桌面上

我们可以看到我们的立体场等势图已经显示出来了

我们可以看到在我们的R1位置上

假如我们连接上的是一个小体积的基团

就是对我们的活性提高会有所帮助

同样在R3这个位置上

如果我们连接一个大体积的基团

对我们的活性提高也是有帮助的

接下来回到我们的表单当中

我们可以看一下我们的电场的等势图

也是点击view qsar comsia

然后选择我们的电场

点击show and quit

然后把我们38号化合物放到我们的桌面上

这就是我们电场的一个等式图

蓝色的部分表示我们在这个地方引入

正电性的集团

对活性提高有帮助

红色就是相反引入负电性的基团对活性的提高

会有帮助

那么接下来我们再看一下我们的疏水场

同样点击view qsar comsia

选择疏水场

点击show and quit

然后将38号化合物放在我们的主桌面上

这就是我们的疏水场的一个等势图

黄色的部分表示引入疏水性集团

将会对活性有提高

白色的则相反

我们可以很直观的看到

我们在R1的位置上

假如我们引入一个亲水性的集团

对我们的活性提高是会有比较大的一个帮助

那么接下来我们再看一下我们的氢键供体场

点击QSAR VIEW QSAR COMSIA

找到我们的DONER

然后点击SHOW AND QUIT

这就是我们的氢键供体场

氢键供体场紫色的部分表示

如果我们在

这个地方引入了一个氢键供体的基团的话

将会降低我们整个化合物的一个活性

最后我们再来看一下我们的氢键受体场

点击acceptor

同样的也是show and quit

要将化合物38放回我们的主桌面上

看到的这个就是我们的一个

氢键受体场的一个等势图

紫色的部分表示引入氢键的受体

对我们的整个活性提高有正面的作用

而红色就是相反引入了

氢键受体基团对活性的提高

是没有任何正面性的作用

我们comsia的分析就

分析完我们五个不同的场了

为了验证我们的化合物与我们蛋白之间的作用模式

接下来我们就采用分子对接来验证一下

首先我们找到application

里面有个docking

然后我们找到dock ligands

在dock ligands里面

我们首先选择define

defeine我们可以将我们的protein structure

改成我们所下载好的PDB格式

然后从我们的文件夹里面找到2WIH.PDB

然后点击OK

然后接下来我们对我们的蛋白进行一定的处理

首先在remove structures里面

我们先把水全部都去掉

我们可以看到红色的点就是我们的水

我们在R里面把我们的C

还有D不要的配体都给去掉

由于我们的蛋白

它的A列和C列是重复的

而D链也是我们所不需要的

所以我们就可以将它们

C链跟D链都删掉

我们可以选pick from screen

然后找到residuce里面的chains C还有D

我们点击OK

这样都去掉了

我们从extract ligand

里面找到我们所需要的配体

把它设为我们的对接的位点

当选择好之后

我们点击analyze

在基本的对接当中

我们只需要把氢原子加上就好了

然后就可以点击return回到上一步

由于我之前已经生成过了

所以我们这里直接选择overright

然后在这一步里

我们就要生成我们的口袋

点击generate

我们可以看到白色的就是我们

刚刚所设置的位点的位置

然后我们在ligand souorce

配体的来源里面选择我们的38号化合物

它是我们活性最高的一个化合物

找到我们的数据库

然后找到38号化合物

然后点击OK就开始运行我们的对接

我们这些结果已经做好了

我们可以看到它的对接分数是5.8916

还算是一个相对可以的对接分数

然后我们首先可以观察一下它在蛋白当中

口袋当中的一个情况

我们选择口袋

那在这里选择我们的蛋白2WIH

点击OK

我们可以看到我们的小分子配体

在我们口袋的一个凹槽的地方

证明了它

与我们的蛋白还是具有一个较好的一个结合模式

我们先把我们的口袋去掉

我们再看一下它与我们蛋白结合的时候

与哪些关键氨基酸形成了氢键

我们先把两个氨基酸选中

然后点击label

然后就可以显示它们两个的名字

分别是LYS33

还有GLU51