当前课程知识点：Computer-Aided Drug Design > Chapter three: The present life of CADD > 3.3 Molecular docking > 3.3.3 The operation of molecular docking（1）
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各位同学们大家好
今天我们要来讲的这节课
是分子对接的软件实操
我们的实操整个过程主要分为四步
第一步受体PDB文件的修饰处理
第二步配体小分子ligands的处理
第三步设定结合参数与位置
进行分子对接计算
第四步对接结果的分析
首先我们来看第一步
即受体PDB文件的修饰处理
那我们一起跟着视频来操作
那我们首先看分子对接的第一部分
也就是说导入受体和受体的一个准备的工作
那我们导入受体
首先要选择分子对接的程序
在这个docking-suits里面有一个dock ligand
那么当这个软件打开了以后
那么它就会出现这样一个对话框
我们选择的dock模式
那么这一次就是surflex-dock这个模式
那么在这个file name这一块
就是我们要输入我们的目标受体
我们点击
点击define
这个时候我们就可以输入
我们的一个受体文件
我们选择一个Pdb的文件
那么选择我们的受体文件
我们还是在demo文件夹里面
我们这一次主要是讲一个
通过demo跟大家进行一个讲解
也就是说1kim.pdb这个文件
那我们选择了这个受体以后
我们就可以看到受体
在这个分子区域它就显示出来了
接下来我们就要
进行分子受体的一个准备工作
点击这边的prepare一个键
那个prepare出现了以后
那么就有以下的这个对话框
在这个对话框里面我们要
进行以下的这一些操作
包括移去一些不必要的结构
那么把受体中间的配体抽提出来
那么让它产生一个空穴
然后对受体进行一个初步的一个优化
那我们看怎么来做这件事情
首先我们移去一些不需要的一些结构
我们可以看到在这个残基这边
我们看到它是分成AB两列的
就是在这个里面我们只用保留一列
就可以进行对接的操作了
因为它只是在其中
跟其中的一个链在发生相互作用
但是在某种情况下
它如果是通过他和AB两个链同时
产生作用形成这个对接的时候
那我们在这个时候
我们就不能够把它全部移除
那么在这里
因为我们知道它只跟A链发生作用
所以说我们可以就把B链的这个结构
全部把它删掉
好我们选择所有B链的结构
然后同时把中间的一个水分子全部选中
我们就要把这一些原分子全部去掉
只保留A链的结构
好我们在这里点击OK
好这个时候我们就看见
这个时候所有的水分子和B链已经去除掉了
那么只剩A链以及A链上面的一个受体
那么这个时候我们
将它的一个配体把它抽提出来
点击这个extrat substructure
那么这个时候我们就可以看到
我们在这里选择A链上的配体
然后点击OK
这个时候我们就把这个A链上面的配体
那么抽提出来了
那么在图中它成一个绿色的结构表示
最后我们对结构进行一个分析
那么以及进行初步的一个处理
那么在这个处理的类型
那么根据不同的研究的需求
我们会处理不同的类型
那么在本研究我们主要
用来修复他的一个主要骨架
那么就backbone
我们点击fix
那么这软件就会自动的帮我们进行修复
同时修复一下他的一些侧链
那么修复一下它的侧链
那么再对它的一个
末端原子进行相应的修复
在这里我们全部选择charge
然后把它全部算成这个极性
然后接下来我们加上氢
做对接的时候
我们要考虑到它的一个氢原子hydrogens
我们就可以看到氢原子就已经加上了
那我们接下来做一个简单的一个能量优化
那么在这个type atoms这一块
我们进行点击show
我们就可以看到
那么它在这一块有多少个原子
那么针对这一类原子
我们进行它的原子类型的一个修复
那我们在这里选择amber-FF99
然后我们设置原子的一个type
那么接下来我们要对
它的侧链氨基酸进行一个修复
同时我们对它进行一个局部的一个优化
在这个局部的优化里面
我们不用全部都选
那么在这个例子
我们主要去优化
它的氢键和它的一个ligand
好点击OK
在这里我们还要设置它的优化的一个参数
好点击OK
那么这个时候
它就会进行一个局部的一个优化
那么把这一系列操作准备完了以后
我们就会退回到它的一个主界面
当然不同的需求或者不同的案例
我们选优化的方式也可能有所差异
退回到这个案例
那么在这个时候
它会让你要储存一个
我们抽提出来的这一个配体
因为我之前已经做过
所以在这个地方显示的是over write
如果大家没有做过
那么直接储存就可以了
好
那么这就是受体的一个初步的准备
因为在本例中准备好受体以后
那么接下来我们就要明确它的一个结合位点
在本例中它已经有一个配体复合物
也就是说它已经形成晶体的时候
已经有一个配体了
所以说在本例中
我们采用的方法是
基于配体的一个活性
位点的或者结合位点的一个预测
那我们可以看到
在这个protomol generation这一块
它已经选中好了ligand
它已经选中好了ligand
那我们在这里只用
通过设置好相应的这个阈值的参数
以及口袋曲面的这个参数以后
我们就可以进行结合口袋的一个预测
那我们在这里选择默认值
点击generate
等了一段时间以后
它已经生成好了一个口袋
在图中我们就可以看到这灰色部分这个框架
那么就是这个案例的一个可能的结合口袋
这就是针对受体的准备
和活性位点一个生成的相关步骤
-1.1 CADD-Where am I coming from？
--1.1 CADD-Where am I coming from？
-1.2 CADD-My Value
-1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
--1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
-1.4 CADD-Friendship with undergraduates
--1.4 CADD-Friendship with undergraduates
-Unit test 1
-2.1 The mystery of drug structure
--2.1 The mystery of drug structure
-2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
--2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
-2.3 The magical journey of drug discovery
--2.3 The magical journey of drug discovery
-Unit test 2
-3.1 Brief introduction of CADD's main methods
--3.1 Brief introduction of CADD's main methods
-3.2 QSAR
--3.2.1 The quantitative structure-activity relationship theory
--3.2.2 The quantitative structure-activity relationship methodology（1）
--3.2.3 The quantitative structure-activity relationship methodology（2）
--3.2.4 The quantitative structure-activity relationship methodology（3）
--3.2.5 The operation of quantitative structure-activity relationship （1）
--3.2.6 The operation of quantitative structure-activity relationship （2）
--3.2.7 The operation of quantitative structure-activity relationship （3）
-3.3 Molecular docking
--3.3.1 The molecular docking theory
--3.3.2 The molecular docking methodology
--3.3.3 The operation of molecular docking（1）
--3.3.4 The operation of molecular docking（2）
--3.3.5 The operation of molecular docking（3）
-3.4 Pharmacophore
--3.4.1 The pharmacophore theory
--3.4.2 The pharmacophore methodology
--3.4.3 The operation of pharmacophore（1）
--3.4.4 The operation of pharmacophore（2）
--3.4.5 The operation of pharmacophore（3）
--3.4.6 The operation of pharmacophore（4）
-3.5 Homology modeling
--3.5.1 The homology modeling theory
--3.5.2 The homology modeling methodology（1）
--3.5.3 The homology modeling methodology（2）
--3.5.4 The operation of homology modeling（1）
--3.5.5 The operation of homology modeling（2）
--3.5.6 The operation of homology modeling（3）
--3.5.7 The operation of homology modeling（4）
--3.5.8 The operation of homology modeling（5）
-Unit test 3
-4.1 Comprehensive case I
--4.1.1 Comprehensive case I-Homology modeling
--4.1.2 Comprehensive case I-Operation
-4.2 Comprehensive case II
--4.2.1 Comprehensive case II –QSAR
--4.2.2 Comprehensive case II -Operation
-4.3 Comprehensive case III
--4.3.1 Comprehensive case III -3D-QSAR and molecular docking
--4.3.2 Comprehensive case III -Operation（1）
--4.3.3 Comprehensive case III -Operation（2）
-4.4 Comprehensive case IV
--4.4.1 Comprehensive case IV -Pharmacophore
--4.4.2 Comprehensive case IV-Parameter explanation
--4.4.3 Comprehensive case IV -Operation
--4.4.4 Comprehensive case IV -Analysis and interpretation
-Unit test 4
