4.1.2 Comprehensive case I-Operation在线视频

同学们

上一节我们一起学习了DDR1

与DDR2双重抑制剂设计的案例

那么接下来我们来综合实践一下

案例里面的同源模建和对接操作

今天我们要做的是同源模建

首先打开我们所需要用到的同源蛋白

可以看到蛋白已经展示在我们的屏幕上方

下一步我们在biopolymer里面

找到我们的序列对比

选择align and write msa来

生成我们所需要的MSA文件

在左边这个按钮里面

选择我们之前已经事先准备好的DDR2文件

然后在右边的Add molecule里面选择

我们已经打开了蛋白3ZOS

然后其他设置暂时不需要做任何变化

接下来我们align进行我们的msa文件生成

那生成结束之后

可以看到出现了两组不一样的序列

我们对它进行一个保存

保存成MSF的格式

接下来对我们的屏幕进行一个清空

下一步进行我们蛋白模型的一个生成

首先也是选择有biopolymer里面的

model proteins选择ochestrer

里面选择我们的new project按钮

然后在这里面我们选择

msa+structure files

因为我们上一步已经生成了我们所

需要的msa文件

在align file里面选择上一步生成的msa文件

我们将它命名成了aligment

点击OK

然后可以看到下方出现了两个我们用于

生成msa文件的两个文件

我们在assign sturcture里面都选择3ZOS

还有一个file

我们将它选择成我们之前准备好的DDR2

然后选择import进行计算

点击OK

当计算完成之后

我们左边的model consurve regions

已经进行高亮的显示

那我们选择它

打开之后我们可以看到我们的匹配程度只有5.9

首先第一步我们先对他进行一个realign

realign结束之后可以看到我们的匹配程度

已经达到了70.8%

下一步我们进行manage ligand

保留我们所需要的配体文件

在我们这里选择的是1004

点击use selected in model

点击OK

返回上一步

当进行完以上两步操作之后

我们要进行build scrs

当点击build scrs里面我们可以看到

我们这个文件当中共有279个残基

有八个是缺失的残基

然后有三个gaps

最后还有250个缺失的侧链

第一步我们先做serach loops

对loops进行一个搜索

然后同样的还是按serach loops

然后让他进行搜索

当serach loops结束之后

我们下一步要对我们的侧链进行一个构建

然后选择我们的add sidechains

当侧链添加完成之后

我们可以看到我们缺失的侧链已经变为零

下一步我们对我们的模型进行一个分析

在这里面我们可以分析它的一个碰撞情况

或者是它的一个保守区等等

我们也可以选择我们的analyze model protable

用表单的形式来检查它

在这里面我们可以选择protein

里面的拉氏图来对它进行检查

在拉氏图里面出现了许多蓝色的点

蓝色的点代表的是我们的氨基酸

是符合我们所需要的标准的

粉红色的点是他不太理想

但是对于这个结果也是可以接受的

红色比较差的一个结果了

当我们看完就可以对它进行一个关闭

然后我们的最后的model要进行一个保存

保存成model S3.mol2

来用于我们下一步的分子对接

接下来利用我们刚刚所生成的蛋白文件

以及我们小分子进行一个分子对接的运算

首先打开docking suits里面的docking ligands

然后我们选择define的按钮

然后选择刚刚所生成的

model S3.mol2格式

然后对它进行一个预处理

首先先检查有没有需要删去的结构

那么接下来对我们的位点进行一个构建

就是我们刚刚上一步所保留的1004

点击OK

然后对我们的

所选择的1004进行一个分析

分析结束之后

我们对整个蛋白进行一个加氢的处理

点击OK

然后返回上一步

返回上一步后

对我们的整个蛋白的位点进行一个计算

生成的蛋白口袋

以绿色的形式出现在了屏幕上

然后点击OK

然后下一步在ligand source

里面选择我们所需要用于对接的

小分子数据库

然后将它命名

然后按点击OK

直接进行我们分子对接的运算

这就是我们的对接结果

这是对接分数

那么在view里面选择我们的蛋白文件

然后选择其中一个对接的小分子配体

然后我们点击surface按钮可以看

可以观察我们的对接口袋情况

接下来是对我们的对接结果进行一个分析

首先打开我们之前生成好的对接结果文件

然后我们可以看到我们

所有用于对接的小分子配体

都在右边的表单上面

然后这边是它的一个对接分数

首先我们可以选择其中的一个小分子配体

然后并打开我们的蛋白文件

通过生成表面的方式来观察

它的蛋白口袋的结合情况

我们可以看到我们的小分子配体

是在我们蛋白口袋的深处

我们还可以通过右边的table的按钮

来对我们所生成的所有配体的构象进行一个分析

选择其中的5P我可以看到它所有的构象都在这里面

在这里我选择的是002

然后将它放到了我们的桌面上

然后观察它跟蛋白结合的一个情况