3.5.7 The operation of homology modeling（4）在线视频

上一节通过构建保守区和蛋白的loop区以及它的侧链

我们基本上已经构建好了

这一个提问序列的这个氨基酸序列的三维结构

接下来我们就要对这个结构的合理性进行一个初步的分析和评价

同样我们看到这个界面

在这个里面我们就点击analyze model

分析一下这个模型

他这里已经给了这个model的这一个信息

241个氨基酸残基

我基本上所有的都已经补齐了

这代表我们之前的这个工作都已经完成了

接下来

我们就可以通过

几个检查来看一下这个蛋白的三维结构是否合理

首先看一下它的骨架的这个检查

如果是呈红色的

那就代表它可能存在着一些不合理的现象

可以看到这里面大部分还是蓝色的

但是有部分存在着一些不合理的情况

再点击一下

这个是它的距离方面的检查

我们再看一下它二面角的一个检查

我们可以看到大部分的都是在合理的

可能少部分出现一些黄色或者红色

这些地方我们值得着重的关注

特别当这些地方如果存在在活性位点当中

我们就得格外注意了

那么如何看它是否存在活性位点

我们可以把它的一个保守区选择出来

然后可以比对一下

看这些问题的区域是不是存在它的保守区域

那我们可以看到

它保守区域主要是图中白色存在的地方

那么loop区这些红色的存在地方

刚才有问题

这个氨基酸残基大部分可能都存在这些

可辨的loop区

那么这一种情况下

对我们进行基于结构的这个药物设计

影响相对而言会稍微小一点

我们可以用拉曼图谱去评价这个蛋白的合理性

如何用拉曼图谱去评价一个蛋白的合理性呢

我们点击这个analyze model ProTable

在这个里面我们可以选择protein

然后选择这个拉曼绘图

就可以看到右边显示了结果图

同样红色的点就代表他们可能存在不合理的这种结构

那我们同样可以在这里面通过点击这些红色的点

就可以选中到底是哪一些氨基酸残基存在着不合理性

可以把它标记出来

我们选中所有的这个红色的点

我们在这里面把它在蛋白结构标记出来

在protein

apply selected rows to molecule

label一下

就可以看到

那么在通过拉曼

这个里面设计了不合理的它主要在哪里

那么是不是在它的一个保守区域范围之内

如果是的话

我们就可能要评价一下

到底能不能用来做下面的基于结构的构效关系研究了

把这个做完了以后我们就可以把它关掉

那么这个图上不合理的

已经在他们标记出来

可以发现大部分不合理的情况都是在它的可变区

保守区并没有这么很明显的不合理的现象出现

接下来我们可能就要对这一个蛋白结构

通过这个蛋白的一个准备工具

可以对它进行相应的优化和处理

在这里点击structure preparation tools

这个我们准备那个蛋白结构是类似的

选择这个S6这个模型

进行这个结构的一个分析

那我们把它的末端的氨基酸进行相应的处理

我们点击fix

计算它的一个极性

把这个变成charged

然后点击apply

我们就可以把它关闭

终端的处理我们已经处理完了

那么同时我们把它加上相应的氢原子

就可以看到氢键基本上都已经加在上面

用浅蓝色表示

我们再来看看这个原子的类型是不是符合标准

它的原子大概有18个原子的类型

可能存在着一个问题

我们看一下到底哪些原子的类型

那我们点击show

然后他就可以把这些原子的类型

存在问题的这个原则的类型显示出来

然后我们看怎么样进行下一步的操作

我们可能就是说这个存在比较大的问题

我们还是要进行不同的运算

我们要给它赋予不同的一个立场

那我们点击fix

这个时候我们就可以把它赋予

不同的这个力场

这个蛋白这一块

那么可以通过选择一个合适的力场

在这里我们选择MMFF94我们来运算一下

好

他本来就已经利用了

MMFF94分布了这个立场

这个时候我们可以把这个跳过

如果说这里

存在着这个原子类型

有比较大的不合理的时候

我们可以把它改变相应的立场

就是说动力学有可能如果不识别的话

我们可以把它分配成amber的这些立场

具体情况具体的进行相应的分析

这里已经用MMFF94已经分配了

这个时候我们就不用再进行这一步了

直接把氨基酸的侧链进行相应的修复

这个软件很快就把这个运行完了

我们在这里点击

我们就不在这里进行一个局部的优化

我们点击RETURN

回到建模的这个界面

它有一个局部的minimization

我们在这里进行局部的能量的优化

那么选择相应的一个立场

和相应的这些参数

以及它的部署进行相应的优化

我们在这里点击MMFF94

那么看到这里FORCE FIELD

我们也点击MMFF94

那么它自动的就剩MMFF94

然后点击OK

那么这个时候

就会进行这个

蛋白三维结构的一个局部优化了

好

经过一段时间的优化

我们这个蛋白优化的结构已经完成了

那么完成了以后

我们就可以去保存我们这一个model了

在这里点save model

这个时候我们就可以把

我们想要的这一个model

用mol2的格式

或者在这里有model的格式

我们就可以把这个model存下来

然后以便于我们以后调用这个结构进行进一步的

构效关系研究

我们再点击save

那么同时这一步已经全部建完了

我们可以看到这所有的步骤

保守区域

分析它的一个保守区域的分析

找寻loop区

分析loop区

构建loop区

分析侧链

分析模型

这一块我们就几步完成了

我们同时还保存了这个模型

完成了以后就可以进行相应的退出了

那这个时候他会要

这个是否保留在桌面上

你可以保留

我们保留了以后

我们就可以进行下一步

他利用了这一个例子

进行一个验证

这个验证是什么

其实他用的这个序列其实三维结构已知了

我们通过这个同源模建的方法

去构建了这个三维结构

然后再和已知的三维结构进行一个匹配

然后再验证这个模型

那么下一节我们将告诉大家如何去调取这一个原始的三维结构

跟我们构建的三维结构进行一个匹配和对比

然后验证这个方法的合理性

我们点击yes

那么这个退出了

但是我们构建的这个结构已经保留在这里了