当前课程知识点：临床科研实验技能 > 第五章 临床科研中常用数据库和软件使用 > 5.4 常用数据库和软件使用 > 5.4.1 序列查询
同学 你好
这一节学习的内容是《常用数据库和软件使用》
这一节主要包括以下8个内容
即序列查询
序列比对
UniProt蛋白质数据资源查询
NCBI PubMed文献检索
NCBI dbSNP基因变异查询
OMIM疾病基因与疾病表型查询
序列变异解读指南和变异预测的
生物信息学软件及变异预测方法
接下来我们学习的是序列查询
我们一起来通过实例学习序列查询的方法
首先我们来学习使用GenBank数据库
查询NCBI RefSeq基因序列
首先通过打开浏览器搜索NCBI进入NCBI的主页
点击进入NCBI主页后
点击All Databases
选择Gene数据库
也可通过浏览器直接搜索NCBI Gene
进入NCBI Gene数据库
在搜索框中输入查询的基因和物种
如GJA3 homo
点击Search
获得搜索结果
如果只输入基因名
对应的可查询到包括人在内的不同物种的基因信息
点击对应人类GJA3基因词条
点击GJA3链接进入Gene数据库中GJA3基因
在Gene数据库GJA3基因界面
有关于GJA3基因的详细信息
左侧我们可以看到基因ID号
HGNC规范的基因命名
基因的其他别名
简要描述和基因定位等
右侧是基因信息列表
有相应链接
下拉网页我们可以查看基因组
信使RNA和编码蛋白质等信息
包括NCBI RefSeq序列
下方有基因序列的GenBank链接
点击GenBank链接可以进入GeneBank数据库
GenBank数据库中的信息包括物种来源
对序列的简要描述
序列注释和序列信息等
每个基因序列都有唯一性和永久的编号
往下翻看网页可以查看基因详细信息
如基因区域
信使RNA和CDS等
点击上方左侧的Go to: Sequence链接
可以快速到达页面下方的基因序列部分
基因序列是以ORIGIN字符开始
双斜线符号//结束
中间为基因对应的碱基序列
由不同数量和顺序的A T C G组成
FASTA格式是一种常用的序列格式
通过点击页面的FASTA链接可以直接显示FASTA格式
或选择格式显示为FASTA
点击GenBank下拉菜单选择FASTA显示FASTA格式页面
FASTA格式以大于号>作为序列FASTA格式的开始
点击基因界面mRNA and Protein(s)
下方对应的蛋白质accession number NP_068773.2
可以查看其编码蛋白信息
蛋白质序列格式与基因序列格式一致
点击基因界面mRNA and Protein(s)下方对应的
蛋白质accession number可以查看其编码蛋白信息
蛋白质序列格式与基因序列格式一致
类似的在基因序列界面点击mRNA
和蛋白质对应的编号同样可以查询到mRNA和蛋白质的序列信息
接下来
我们来学习UCSC基因组浏览器查询基因序列
通过浏览器搜索进入UCSC Genome Browser页面
点击Genomes
选择合适的版本
如最新版Human GRCh38/hg38
在检索框内参照左侧格式要求
如输入chr13:20716800-20717200
点击go
显示该段区域为401 bp
点击右上方View
选择DNA
进入Get DNA in Window界面
选择Get DNA for位置
序列区域选择以及设定序列呈现格式等
点击get DNA
即可获得该片段序列
该方法尤其适合经二代测序
如外显子组测序后
获得候选变异的后续验证阶段参考序列的获取
可用于设计PCR和直接测序引物
好了 这一部分的内容我们就学习到这里了 谢谢大家
-1.1 临床科研实验简介
-1.2 医学实验中心基本情况
-1.3 进室流程和管理制度
-1.4 实验总结要点和实验心得
-第1章 习题作业
--第1章 习题作业
-第一章 课件
--第一章 课件
-2.1 科研诚信问题
-2.2 科研诚信与学术规范
-2.3 杜绝科研不端行为
-第2章 习题作业
--第2章 习题作业
-第二章 课件
--第二章 课件
-3.1 分子生物学常用实验技术
-3.2 PCR技术
-3.3 电泳技术
-3.4 蛋白质印迹技术
-第3章 习题作业
--第3章 习题作业
-第三章 课件
--第三章 课件
-4.1 精准医学概述
-4.2 常见遗传病简介
-4.3 精准医学在遗传病中的应用
-第4章 习题作业
--第4章 习题作业
-第四章 课件
--第四章 课件
-5.1 生物信息学概述
-5.2 常用生物信息学数据库
-5.3 常用生物信息学分析工具
-5.4 常用数据库和软件使用
-第5章 习题作业
--第5章 习题作业
-第五章 课件
--第五章 课件
-6.1 细胞培养基本概念
-6.2 细胞培养基本条件
-6.3 细胞培养基本方法
-6.4 细胞培养操作流程
-6.5 细胞冻存、复苏和污染检测
-第6章 习题作业
--第6章 习题作业
-第六章 课件
--第六章 课件
-7.1 细胞凋亡概述
-7.2 细胞凋亡分子机制
-7.3 细胞凋亡的检测
-7.4 细胞凋亡与疾病
-第7章 习题作业
--第7章 习题作业
-第七章 课件
--第七章 课件
-8.1 动物实验设计与应用
-8.2 实验动物分类与选择
-8.3 医学动物实验模型
-8.4 实验动物的伦理与福利
-第8章 习题作业
--第8章 习题作业
-第八章 课件
--第八章 课件
-9.1 免疫组化技术
-9.2 免疫荧光技术
-9.3 酶联免疫吸附技术
-第9章 习题作业
--第9章 习题作业
-第九章 课件
--第九章 课件
-10.1 SCI论文基本知识
-10.2 SCI论文写作
-10.3 SCI论文撰写技巧
-10.4 SCI论文投稿和发表
-第10章 习题作业
--第10章 习题作业
-第十章 课件
--第十章 课件