当前课程知识点：临床科研实验技能 > 第五章 临床科研中常用数据库和软件使用 > 5.4 常用数据库和软件使用 > 5.4.8 变异预测
同学 你好
这一部分我们学习的是
应用生物信息学软件进行变异预测的方法
使用生物信息学软件预测
首先需要获得发生变异的基因
和蛋白的一些基本信息
如ENSP号
蛋白编号accession number（收录号）和ENST号等
在基因具有多个转录本时
一般应选择最长或最主要的转录本作为参考序列
具体查询方法可以参考前面介绍的序列查询方法
PROVEAN工具可对氨基酸替换
和插入缺失变异进行预测
通过浏览器输入PROVEAN搜索
点击PROVEAN主页
选择PROVEAN Protein Batch-Human工具
对变异进行预测
依照示例格式输入基因变异详细情况
包括编码蛋白质编号
蛋白改变位置及突变位点
参考氨基酸和突变氨基酸
如NP_068773.2 143 G E
也可以输入ENSP00000241125 143 G E
点击提交
蛋白编号信息可以从Gene数据库中复制
点击View result table
可同时获得PROVEAN和SIFT预测结果
GJA3基因G143E变异PROVEAN预测结果为Deleterious
SIFT结果为Damaging
对于PROVEAN和SIFT结果解读
PROVEAN预测结果为Deleterious或Neutral
其界值为-2.5
而SIFT结果为Damaging或Tolerated 界值为0.05
PolyPhen-2是预测氨基酸替换（错义/非同义变异）
对人蛋白质结构和功能可能影响的工具
软件基于序列
系统发生和结构信息对替换变异进行预测
通过浏览器输入PolyPhen-2搜索
点击PolyPhen-2主页
在PolyPhen-2界面
通过输入蛋白序列编号
或SNP号或FASTA格式的蛋白序列
变异发生位置
以及参考序列氨基酸和变异后的
替换氨基酸进行预测分析
点击Submit Query即可运行预测分析
在结果显示界面点击View即可查看预测结果
必要时点击Refresh刷新结果或Delete结果
通常结果显示分HumDiv和HumVar两部分
一般孟德尔遗传病研究多参考
HumVar模型的预测结果
GJA3基因G143E变异HumVar模型
预测结果为PROBABLY DAMAGING
预测结果包括Probably damaging
Possibly damaging或Benign三种
还包括Score：有害的概率
特异度sensitivity和灵敏度specificity
MutationTaster是一个可预测碱基替换
插入缺失
插入或缺失多种类型变异的软件
通过浏览器输入MutationTaster搜索
点击进入MutationTaster主页
通过输入基因名GJA3
选择转录本信息ENST00000241125
以及参考位置依据coding sequence (ORF)
勾选options：show nucleotide alignment
输入碱基改变位置428和新碱基A
预测界面下方Sequence snippet
可显示突变位点及周围序列信息
可用于核对突变位置及周围序列
输入变异名字
点击continue运行预测分析
获得GJA3基因c.428G>A (p.G143E)
变异预测结果disease causing
下方可以查看变异的具体信息
如序列改变以及相关氨基酸改变
人群数据库情况和相关预测详细情况
同前输入基因名PHEX
选择转录本信息ENST00000379374
以及参考位置依据coding sequence (ORF)
勾选options：show nucleotide alignment
在insertion or deletion by position部分
输入变异前一位野生型碱基1552
变异后一位野生型碱基1554
输入变异名字
点击continue运行预测分析
获得PHEX基因缺失变异c.1553delT (p.F518Sfs*4)结果
MutationTaster结果主要分为
Disease causing和Polymorphism两类
好了 这一部分的内容我们就学习到这里了
你掌握了运用生物信息学软件进行变异预测的方法了吗
-1.1 临床科研实验简介
-1.2 医学实验中心基本情况
-1.3 进室流程和管理制度
-1.4 实验总结要点和实验心得
-第1章 习题作业
--第1章 习题作业
-第一章 课件
--第一章 课件
-2.1 科研诚信问题
-2.2 科研诚信与学术规范
-2.3 杜绝科研不端行为
-第2章 习题作业
--第2章 习题作业
-第二章 课件
--第二章 课件
-3.1 分子生物学常用实验技术
-3.2 PCR技术
-3.3 电泳技术
-3.4 蛋白质印迹技术
-第3章 习题作业
--第3章 习题作业
-第三章 课件
--第三章 课件
-4.1 精准医学概述
-4.2 常见遗传病简介
-4.3 精准医学在遗传病中的应用
-第4章 习题作业
--第4章 习题作业
-第四章 课件
--第四章 课件
-5.1 生物信息学概述
-5.2 常用生物信息学数据库
-5.3 常用生物信息学分析工具
-5.4 常用数据库和软件使用
-第5章 习题作业
--第5章 习题作业
-第五章 课件
--第五章 课件
-6.1 细胞培养基本概念
-6.2 细胞培养基本条件
-6.3 细胞培养基本方法
-6.4 细胞培养操作流程
-6.5 细胞冻存、复苏和污染检测
-第6章 习题作业
--第6章 习题作业
-第六章 课件
--第六章 课件
-7.1 细胞凋亡概述
-7.2 细胞凋亡分子机制
-7.3 细胞凋亡的检测
-7.4 细胞凋亡与疾病
-第7章 习题作业
--第7章 习题作业
-第七章 课件
--第七章 课件
-8.1 动物实验设计与应用
-8.2 实验动物分类与选择
-8.3 医学动物实验模型
-8.4 实验动物的伦理与福利
-第8章 习题作业
--第8章 习题作业
-第八章 课件
--第八章 课件
-9.1 免疫组化技术
-9.2 免疫荧光技术
-9.3 酶联免疫吸附技术
-第9章 习题作业
--第9章 习题作业
-第九章 课件
--第九章 课件
-10.1 SCI论文基本知识
-10.2 SCI论文写作
-10.3 SCI论文撰写技巧
-10.4 SCI论文投稿和发表
-第10章 习题作业
--第10章 习题作业
-第十章 课件
--第十章 课件