当前课程知识点：临床科研实验技能 >  第五章 临床科研中常用数据库和软件使用 >  5.4 常用数据库和软件使用 >  5.4.2 序列比对

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5.4.2 序列比对在线视频

下一节:5.4.3 UniProt

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5.4.2 序列比对课程教案、知识点、字幕

同学 你好

这一部分我们学习的是序列比对

我们一起来通过实例学习序列比对的方法

首先我们来学习NCBI数据库BLAST序列比对方法

首先通过打开浏览器搜索NCBI进入NCBI主页

点击进入NCBI主页后

点击右侧Popular Resources下方的BLAST

进入NCBI BLAST界面

也可以通过浏览器直接搜索

NCBI BLAST进入其主页界面

我们可以在Web BLAST下方看到

Nucleotide BLAST blastx

tblastn和Protein BLAST

即可进行核苷酸BLAST 核苷酸翻译后

和蛋白质之间BLAST 蛋白质BLAST

此外下方还有一些特殊的比对

如用于发现相似蛋白序列的SmartBLAST

用于引物特异性检测的Primer-BLAST

这里我们以对人类GJA3蛋白的BLAST为例

我们选择Protein BLAST

点击Protein BLAST进行蛋白质序列比对分析

在blastp界面

在Enter Query Sequence输入

待比对序列的FASTA格式

此处我们输入人类GJA3蛋白的FASTA格式蛋白质序列

选择比对目标数据库Database

如Reference proteins (refseq_protein)

其他参数默认

我们也可以对该任务命名（Job Title）

点击下方BLAST即可

可获得比对序列的结果

查看blastp结果

可以看到人类GJA3蛋白和

Reference proteins数据库中

不同物种的蛋白质序列比对结果

前面为BLAST任务简要描述

图形示意结果

对比对结果的描述

包含score 覆盖度 E值和蛋白质收录号等

以及详细比对结果

仔细查看结果可以看到复制的

这段蛋白序列与各物种蛋白序列的比对情况

首先我们可以看到我们复制的

这段序列为人类GJA3蛋白序列

Identities为100%

随后我们可以看到该段序列

即人类GJA3蛋白序列

与黑猩猩GJA3蛋白序列的比对情况

Identities为99%

435个氨基酸中有两个氨基酸不同

此外

我们可以通过NCBI HomoloGene

快速对相应蛋白进行比对

打开NCBI主页

All Databases中选择NCBI HomoloGene

也可通过浏览器直接搜索

NCBI HomoloGene 进入其主页

在检索框中输入GJA3 homo

点击Search

可以看到不同物种的GJA3蛋白及其收录号等

在Protein Alignments下方

可以查看多重比对和成对比对结果

点击Show Multiple Alignment

则可查看GJA3蛋白在各物种的情况

序列比对结果下方有每个Protein Acc.对应的物种说明

如图我们可以看到

人类GJA3蛋白143位甘氨酸（p.G143）

在收录的各物种中是保守的

好了 这一部分的内容我们就学习到这里了

你学习到序列比对的方法了吗

临床科研实验技能课程列表：

第一章 临床科研实验实施与总结

-1.1 临床科研实验简介

--1.1 临床科研实验简介

-1.2 医学实验中心基本情况

--1.2 医学实验中心基本情况

-1.3 进室流程和管理制度

--1.3 进室流程和管理制度

-1.4 实验总结要点和实验心得

--1.4 实验总结要点和实验心得

-第1章 习题作业

--第1章 习题作业

-第一章 课件

--第一章 课件

第二章 临床科研诚信与学术规范

-2.1 科研诚信问题

--2.1 科研诚信问题

-2.2 科研诚信与学术规范

--2.2 科研诚信与学术规范

-2.3 杜绝科研不端行为

--2.3 杜绝科研不端行为

-第2章 习题作业

--第2章 习题作业

-第二章 课件

--第二章 课件

第三章 分子生物学常用实验技术

-3.1 分子生物学常用实验技术

--3.1 分子生物学常用实验技术

-3.2 PCR技术

--3.2.1 PCR技术概述

--3.2.2 PCR实验流程

--3.2.3 PCR实验操作

--3.2.4 PCR技术类型及应用

-3.3 电泳技术

--3.3.1 电泳技术概述

--3.3.2 常用电泳方法

--3.3.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验操作

-3.4 蛋白质印迹技术

--3.4.1 蛋白质印迹概述

--3.4.2 蛋白质印迹实验流程

--3.4.3 蛋白质印迹实验

--3.4.4 蛋白质印迹常见问题分析

-第3章 习题作业

--第3章 习题作业

-第三章 课件

--第三章 课件

第四章 精准医学与遗传病

-4.1 精准医学概述

--4.1 精准医学概述

-4.2 常见遗传病简介

--4.2 常见遗传病简介

-4.3 精准医学在遗传病中的应用

--4.3 精准医学在遗传病中的应用

-第4章 习题作业

--第4章 习题作业

-第四章 课件

--第四章 课件

第五章 临床科研中常用数据库和软件使用

-5.1 生物信息学概述

--5.1 生物信息学概述

-5.2 常用生物信息学数据库

--5.2 常用生物信息学数据库

-5.3 常用生物信息学分析工具

--5.3 常用生物信息学分析工具

-5.4 常用数据库和软件使用

--5.4.1 序列查询

--5.4.2 序列比对

--5.4.3 UniProt

--5.4.4 文献检索

--5.4.5 变异查询

--5.4.6 OMIM

--5.4.7 变异解读

--5.4.8 变异预测

-第5章 习题作业

--第5章 习题作业

-第五章 课件

--第五章 课件

第六章 细胞培养技术

-6.1 细胞培养基本概念

--6.1 细胞培养基本概念

-6.2 细胞培养基本条件

--6.2 细胞培养基本条件

-6.3 细胞培养基本方法

--6.3 细胞培养基本方法

-6.4 细胞培养操作流程

--6.4 细胞培养操作流程

-6.5 细胞冻存、复苏和污染检测

--6.5 细胞冻存、复苏和污染检测

-第6章 习题作业

--第6章 习题作业

-第六章 课件

--第六章 课件

第七章 细胞凋亡

-7.1 细胞凋亡概述

--7.1 细胞凋亡概述

-7.2 细胞凋亡分子机制

--7.2 细胞凋亡分子机制

-7.3 细胞凋亡的检测

--7.3 细胞凋亡的检测

-7.4 细胞凋亡与疾病

--7.4 细胞凋亡与疾病

-第7章 习题作业

--第7章 习题作业

-第七章 课件

--第七章 课件

第八章 动物实验技术

-8.1 动物实验设计与应用

--8.1 动物实验设计与应用

-8.2 实验动物分类与选择

--8.2.1 实验动物分类与选择

--8.2.2 动物实验基本操作

-8.3 医学动物实验模型

--8.3 医学动物实验模型

-8.4 实验动物的伦理与福利

--8.4 实验动物的伦理与福利

-第8章 习题作业

--第8章 习题作业

-第八章 课件

--第八章 课件

第九章 免疫学实验技术

-9.1 免疫组化技术

--9.1 免疫组化技术

-9.2 免疫荧光技术

--9.2 免疫荧光技术

-9.3 酶联免疫吸附技术

--9.3 酶联免疫吸附技术

-第9章 习题作业

--第9章 习题作业

-第九章 课件

--第九章 课件

第十章 SCI论文写作与发表

-10.1 SCI论文基本知识

--10.1 SCI论文基本知识

-10.2 SCI论文写作

--10.2 SCI论文写作

-10.3 SCI论文撰写技巧

--10.3 SCI论文撰写技巧

-10.4 SCI论文投稿和发表

--10.4 SCI论文投稿和发表

-第10章 习题作业

--第10章 习题作业

-第十章 课件

--第十章 课件

5.4.2 序列比对笔记与讨论

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  7. 计算思维(2021秋)

  8. 社交礼仪(2021秋)

  9. 高级管理学(2021秋)

  10. 产业生态学 Industrial ecology(2021秋)

  11. Python与数据思维基础(2021秋)

  12. 唐史四讲(2021秋)

  13. 管理沟通(2021秋)

  14. 西方现代派文学(2021秋)

  15. 普通逻辑学(2021秋)

  16. 会计学基础(2021秋)

  17. 中国教育史(2021秋)

  18. 项目成本管理(2021秋)

  19. 数字电子技术(2021秋)

  20. 玩转计算机二级—office高级修炼(2021秋)
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