当前课程知识点:临床科研实验技能 > 第五章 临床科研中常用数据库和软件使用 > 5.3 常用生物信息学分析工具 > 5.3 常用生物信息学分析工具
同学 你好
这部分内容我们学习的是常用生物信息学分析工具
首先我们来介绍常用的引物设计工具
常见的引物设计工具包括NCBI Primer-BLAST
Primer3和BatchPrimer3等
我们可直接通过相关流程输入相关参数即可获得合适的引物序列
常用的序列比对分析工具为NCBI BLAST
可对核酸和蛋白质序列等进行比对分析
此外还有ClustalW2
Clustal Omega
MUSCLE和MAFFT等也能进行序列比对分析
ExPASy
瑞士生物信息学研究所(SIB)创建的蛋白质分析系统
涵盖蛋白质组学
基因组学
系统发育学
系统生物学
群体遗传学和转录组学等领域
包含有多个数据库和工具的链接
ExPASy Hits是一个蛋白质结构域免费数据库
MyHits-Motif Scan
可用于发现序列中已知motif
NCBI CDD数据库是蛋白质功能域注释库
PredictProtein
预测的蛋白质理化性质
NCBI-structure
涉及蛋白质序列-结构-功能关系
相互作用和活化位点等
PDB
蛋白质和核酸生物大分子三维结构数据库
SignaIP
预测蛋白质信号肽
TMHMM
预测蛋白跨膜区
目前有多种用于变异致病性预测的工具
其算法虽有差异
但都会包含序列变异在核苷酸及氨基酸水平上作用影响的判断
可用于解读序列变异
主要分为两类
一类可以预测错义变异是否会破坏蛋白质的结构或功能
如PolyPhen-2
另一种可以预测是否影响剪切
如HSF
以下为用于预测突变是否影响剪切的工具
BDGP
伯克利果蝇基因组计划
剪切位点预测工具
应用神经网络预测人类和黑腹果蝇剪切位点
HSF
人类剪切查找工具
用于分析外显子和内含子区突变对剪切的影响
尤其指针对mRNA前体的剪切
此外还提供其他剪切预测工具链接
SWISS-MODEL是一个自动化的蛋白质结构同源建模服务器
可通过ExPASy网络服务器或程序DeepView (Swiss Pdb-Viewer)访问
用于蛋白质建模
此外可以用于蛋白分子建模的工具有
Phyre2和CPHmodels 3.3等
蛋白分子建模后需使用蛋白分子三维结构显示软件呈现蛋白分子
常用的有PyMOL
RasMol和Swiss-PdbViewer等
可个性化显示蛋白分子三维结构
好了 这一部分的内容我们就学习到这里了 谢谢大家
-1.1 临床科研实验简介
-1.2 医学实验中心基本情况
-1.3 进室流程和管理制度
-1.4 实验总结要点和实验心得
-第1章 习题作业
--第1章 习题作业
-第一章 课件
--第一章 课件
-2.1 科研诚信问题
-2.2 科研诚信与学术规范
-2.3 杜绝科研不端行为
-第2章 习题作业
--第2章 习题作业
-第二章 课件
--第二章 课件
-3.1 分子生物学常用实验技术
-3.2 PCR技术
-3.3 电泳技术
-3.4 蛋白质印迹技术
-第3章 习题作业
--第3章 习题作业
-第三章 课件
--第三章 课件
-4.1 精准医学概述
-4.2 常见遗传病简介
-4.3 精准医学在遗传病中的应用
-第4章 习题作业
--第4章 习题作业
-第四章 课件
--第四章 课件
-5.1 生物信息学概述
-5.2 常用生物信息学数据库
-5.3 常用生物信息学分析工具
-5.4 常用数据库和软件使用
-第5章 习题作业
--第5章 习题作业
-第五章 课件
--第五章 课件
-6.1 细胞培养基本概念
-6.2 细胞培养基本条件
-6.3 细胞培养基本方法
-6.4 细胞培养操作流程
-6.5 细胞冻存、复苏和污染检测
-第6章 习题作业
--第6章 习题作业
-第六章 课件
--第六章 课件
-7.1 细胞凋亡概述
-7.2 细胞凋亡分子机制
-7.3 细胞凋亡的检测
-7.4 细胞凋亡与疾病
-第7章 习题作业
--第7章 习题作业
-第七章 课件
--第七章 课件
-8.1 动物实验设计与应用
-8.2 实验动物分类与选择
-8.3 医学动物实验模型
-8.4 实验动物的伦理与福利
-第8章 习题作业
--第8章 习题作业
-第八章 课件
--第八章 课件
-9.1 免疫组化技术
-9.2 免疫荧光技术
-9.3 酶联免疫吸附技术
-第9章 习题作业
--第9章 习题作业
-第九章 课件
--第九章 课件
-10.1 SCI论文基本知识
-10.2 SCI论文写作
-10.3 SCI论文撰写技巧
-10.4 SCI论文投稿和发表
-第10章 习题作业
--第10章 习题作业
-第十章 课件
--第十章 课件