3.3.4 The operation of molecular docking（2）在线视频

好我们点击OK以后

那么就回到这里我们可以看这个fliename

代表着受体的处理好了以后

和产生的结合位点的一个文件

那么接下来我们就是要进行下面的第二步

也就是进行配体的一个相关操作

那么其实配体的相关操作很简单

我们就在这里ligand source

这里面我们可以进行选择

他能够支持的文件类型包括以下这种

SLN Table Mol2 SD File Smiles和Database

在这里我们这个案例中

我们选择SLN File

选择他们为我们准备的

这个ligand的一个文件

我们选择

SLN的文件tk.hits之后点击OK

那么到此为止

就已经选择好它的配体了

那么本例子举的很简单

但是如果说大家要自己准备配体的时候

那么还是要经过绘制配体的结构

结构命名结构优化这一系列过程

那么把它存成一个文件

可以存成数据库的文件

也可以存成单个的这个文件

比如说SLN这种文件

那么在这里我们就可以输入

然后把它作为一个配体

接下来我们就要进行下一步

也就是设置对接参数

从而进行对接

在这个对话框中

我们选择surflex dock

在这里面他有很多的参数可供我们选择

本例我们在3D结构生成这一块

我们选择If Necessary

当然如果说有些特殊的情况

你可以选择其他的

那么普通的情况下

我们点击默认基本上就是可以

同时我们把

Allow protein movement

这一栏我们全部留空就不要再选了

我们可能这一块就认为

不允许这个蛋白进行相应的

一个柔性的一个对接

那么就是固定的

那么在这里我们已经

之前已经抽提出来它的配体

想把它的配体作为它的一个模板分子

那么就在reference molecule的里面

我们就要选择它的一个模板分子

因为当时我们已经把它存在这个分子区域了

我们直接点这个分子区域我们就可以选择

如果已经存好了

那么就可以选择

那么在这里他没有存好

那我们在这里

我们就可以选择mol2的一个file

然后去选择我们刚才

把它抽提出来的

1kim的一个ligand的一个文件

看到了这里1kim的

一个ligand的一个文件

那么点击OK

这就相当于它的一个模板分子

点击OK他就回到了这个主界面

点击OK他就回到了这个主界面

那么同时之前已经介绍过CScore

它是sybyl利用了对接的total score

和它的一致性这一些限制

得到的一致性的分数

如果有这个插件我们就直接点上

就CScore calculations

然后进行相应的一个计算

那么接下来我们就可以命名这个

对接运行的程序名

就可以开始进行相应的一个对接了

比如说我在这里设定成一个test

那么上面的这些参数就代表是

直接运行呢还用本机进行运行

那么用的处理器是多少

这个时候大家可以根据自己的电脑

去设置相应的这一个参数

那么这个时候我们就可以点击OK运行

那么他这个就在开始做

分子对接的一个计算了

那么以上的操作就是分子对包括受体的准备

配体的准备以及对接参数的设置以后

我们就可以进行一个对接的操作

那么得到结果以后

我们将进行下一步的结果分析

相关的一些操作

好用不了一下对接结果就呈现在我们面前了

对吧

当然如果说大家要重新去看这个

就是说它不是自动生成的

我们要直接刚开软件

我们就要去分析这个结果

也跟大家解说一下在哪看

直接在Applications 的Docking Suits

我们有一个Analyze Results

那么在这个里面我们就可以根据我们的job name

去选择我们的一个运行的程序

按时间顺序我们就可以看到dockingrun test点击OK

同样这也可以把我们的结果给调出来

我们可以看到它的一个各个方面的一些参数

可以看到各个化合物都已经对接成功

那么这里给出了他的一个对接分数

那么点击每一行

这个对接的结构就显示出来了

那么在这里我们可以选择显示整个蛋白

还是选择整个它的一个活性位点

还是选择他的这一个模板分子

还是选择我的一个protomol在这里

我们可以进行选择

我们这里选择一个site的文件

那么点击任何一个化合物

我们就可以看到这个化合物

就出现在了这个结合位点之间

那么在这个里面有黄色虚线标记的

就代表他们形成了相应的一些氢键

我们可以把它都点击出来

对吧

如果说我们要想看

这个对接结构跟

我的模板分子之间的一个相关性

那我们可以把这个先去掉

然后我们在这里面可以直接

倒入我们之间的一个膜

它的天然配体的模板分子1kim ligand

点击OK

它就显示出来了

为了让它更好看

我们可以改变一下他的这个渲染模式

变成一个球棍状的

那么就可以看到

我们的对接结构是通过原子类型进行染色

而模板分子是纯绿色的

我们可以看到他们的一个匹配程度

然后来分析一下

这个对接结果的合理性的问题

那么当然如果我们不用看他了

把1kim ligand隐去

那么同时我们在这个结构中

我们可以看到它这里有几列

这个total score代表他总的一个对接分数

crash代表它空间的立体位阻的冲撞

那么如果越大

那么代表他的冲撞程度就越高

那么polar是代表它的一个

极性之间的一个相互作用

这similarity代表的是它跟

模板分子之间的一个相似性

那么相似度越高

这个结合模式就越正确

同时这里显示出来的

只是对接分数最优的一个分子构象

如果我们想看一下

他们所有的对接成功的分子构象

我们就在这里

那么点击这个table

我们再点击其中的一个化合物

我们就可以看到

那么这个化合物所有的

详细的参数都会列在上面

那么它所有对接成功的这个构象

比如说01020304一直到20个

那么有总分有冲突

有极性相互作用

相似性

还有我们刚才所说的关于D-Score

PMF-score G-Score Chem-Score C-Score对吧

他们之间的一些参数

通过这些参数来评价一下

那么这个对接构想是否合理

是否一致

当我们选择中了一个对接构象以后

比如说我们在这里选择中一个对接构象以后

我们要把它保留作为以后的分析

那我们就可以在这个地方

进行一个save results的一个设定

那么点击它

我们就可以去把它的相应的一个

各种各样的参数能够可以保留下来

就包括它的对接分数

通过一个总的分数然后排序

是吧

可以保留它从上到下的多少个分子

还可以保留它的总分多少分子

还能保留每一个分子

我们可以保留多少个分子

那么同时每一个分子有多少个构象

我们都可以在这里进行相应的设定

然后同时选择它的一个输出的格式

那么点击OK

就可以把它保存了

在这里我就不演示给大家看

直接点击OK就可以保存了

那么至此我们已经完成了

利用对接的方式

去探讨小分子和大分子之间的相互作用

当然利用SYBYL确实存在着

一定的局限性

在这里面看到的更多的

都是氢键的相互作用

还有主要通过他的对接分数

和对接参数去判断他们对接的一个合理性

那么其实我们通过其他的软件

还可以进行更深入的一些研究

比如说我们刚才保存了这一个结构以后

我们可以把它导到其它软件里面

去看它更多的相互作用

包括疏水 范德华

是吧

包括P-π共轭这些都可以看得到

那么在以后的操作里面

我们将继续跟大家进行深入的一个探讨

至此我们已经完成了

小分子 大分子的简单对接操作

那么以后我们将继续进行更复杂的

对接操作指导

谢谢大家