当前课程知识点：Computer-Aided Drug Design > Chapter three: The present life of CADD > 3.3 Molecular docking > 3.3.4 The operation of molecular docking（2）
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好我们点击OK以后
那么就回到这里我们可以看这个fliename
代表着受体的处理好了以后
和产生的结合位点的一个文件
那么接下来我们就是要进行下面的第二步
也就是进行配体的一个相关操作
那么其实配体的相关操作很简单
我们就在这里ligand source
这里面我们可以进行选择
他能够支持的文件类型包括以下这种
SLN Table Mol2 SD File Smiles和Database
在这里我们这个案例中
我们选择SLN File
选择他们为我们准备的
这个ligand的一个文件
我们选择
SLN的文件tk.hits之后点击OK
那么到此为止
就已经选择好它的配体了
那么本例子举的很简单
但是如果说大家要自己准备配体的时候
那么还是要经过绘制配体的结构
结构命名结构优化这一系列过程
那么把它存成一个文件
可以存成数据库的文件
也可以存成单个的这个文件
比如说SLN这种文件
那么在这里我们就可以输入
然后把它作为一个配体
接下来我们就要进行下一步
也就是设置对接参数
从而进行对接
在这个对话框中
我们选择surflex dock
在这里面他有很多的参数可供我们选择
本例我们在3D结构生成这一块
我们选择If Necessary
当然如果说有些特殊的情况
你可以选择其他的
那么普通的情况下
我们点击默认基本上就是可以
同时我们把
Allow protein movement
这一栏我们全部留空就不要再选了
我们可能这一块就认为
不允许这个蛋白进行相应的
一个柔性的一个对接
那么就是固定的
那么在这里我们已经
之前已经抽提出来它的配体
想把它的配体作为它的一个模板分子
那么就在reference molecule的里面
我们就要选择它的一个模板分子
因为当时我们已经把它存在这个分子区域了
我们直接点这个分子区域我们就可以选择
如果已经存好了
那么就可以选择
那么在这里他没有存好
那我们在这里
我们就可以选择mol2的一个file
然后去选择我们刚才
把它抽提出来的
1kim的一个ligand的一个文件
看到了这里1kim的
一个ligand的一个文件
那么点击OK
这就相当于它的一个模板分子
点击OK他就回到了这个主界面
点击OK他就回到了这个主界面
那么同时之前已经介绍过CScore
它是sybyl利用了对接的total score
和它的一致性这一些限制
得到的一致性的分数
如果有这个插件我们就直接点上
就CScore calculations
然后进行相应的一个计算
那么接下来我们就可以命名这个
对接运行的程序名
就可以开始进行相应的一个对接了
比如说我在这里设定成一个test
那么上面的这些参数就代表是
直接运行呢还用本机进行运行
那么用的处理器是多少
这个时候大家可以根据自己的电脑
去设置相应的这一个参数
那么这个时候我们就可以点击OK运行
那么他这个就在开始做
分子对接的一个计算了
那么以上的操作就是分子对包括受体的准备
配体的准备以及对接参数的设置以后
我们就可以进行一个对接的操作
那么得到结果以后
我们将进行下一步的结果分析
相关的一些操作
好用不了一下对接结果就呈现在我们面前了
对吧
当然如果说大家要重新去看这个
就是说它不是自动生成的
我们要直接刚开软件
我们就要去分析这个结果
也跟大家解说一下在哪看
直接在Applications 的Docking Suits
我们有一个Analyze Results
那么在这个里面我们就可以根据我们的job name
去选择我们的一个运行的程序
按时间顺序我们就可以看到dockingrun test点击OK
同样这也可以把我们的结果给调出来
我们可以看到它的一个各个方面的一些参数
可以看到各个化合物都已经对接成功
那么这里给出了他的一个对接分数
那么点击每一行
这个对接的结构就显示出来了
那么在这里我们可以选择显示整个蛋白
还是选择整个它的一个活性位点
还是选择他的这一个模板分子
还是选择我的一个protomol在这里
我们可以进行选择
我们这里选择一个site的文件
那么点击任何一个化合物
我们就可以看到这个化合物
就出现在了这个结合位点之间
那么在这个里面有黄色虚线标记的
就代表他们形成了相应的一些氢键
我们可以把它都点击出来
对吧
如果说我们要想看
这个对接结构跟
我的模板分子之间的一个相关性
那我们可以把这个先去掉
然后我们在这里面可以直接
倒入我们之间的一个膜
它的天然配体的模板分子1kim ligand
点击OK
它就显示出来了
为了让它更好看
我们可以改变一下他的这个渲染模式
变成一个球棍状的
那么就可以看到
我们的对接结构是通过原子类型进行染色
而模板分子是纯绿色的
我们可以看到他们的一个匹配程度
然后来分析一下
这个对接结果的合理性的问题
那么当然如果我们不用看他了
把1kim ligand隐去
那么同时我们在这个结构中
我们可以看到它这里有几列
这个total score代表他总的一个对接分数
crash代表它空间的立体位阻的冲撞
那么如果越大
那么代表他的冲撞程度就越高
那么polar是代表它的一个
极性之间的一个相互作用
这similarity代表的是它跟
模板分子之间的一个相似性
那么相似度越高
这个结合模式就越正确
同时这里显示出来的
只是对接分数最优的一个分子构象
如果我们想看一下
他们所有的对接成功的分子构象
我们就在这里
那么点击这个table
我们再点击其中的一个化合物
我们就可以看到
那么这个化合物所有的
详细的参数都会列在上面
那么它所有对接成功的这个构象
比如说01020304一直到20个
那么有总分有冲突
有极性相互作用
相似性
还有我们刚才所说的关于D-Score
PMF-score G-Score Chem-Score C-Score对吧
他们之间的一些参数
通过这些参数来评价一下
那么这个对接构想是否合理
是否一致
当我们选择中了一个对接构象以后
比如说我们在这里选择中一个对接构象以后
我们要把它保留作为以后的分析
那我们就可以在这个地方
进行一个save results的一个设定
那么点击它
我们就可以去把它的相应的一个
各种各样的参数能够可以保留下来
就包括它的对接分数
通过一个总的分数然后排序
是吧
可以保留它从上到下的多少个分子
还可以保留它的总分多少分子
还能保留每一个分子
我们可以保留多少个分子
那么同时每一个分子有多少个构象
我们都可以在这里进行相应的设定
然后同时选择它的一个输出的格式
那么点击OK
就可以把它保存了
在这里我就不演示给大家看
直接点击OK就可以保存了
那么至此我们已经完成了
利用对接的方式
去探讨小分子和大分子之间的相互作用
当然利用SYBYL确实存在着
一定的局限性
在这里面看到的更多的
都是氢键的相互作用
还有主要通过他的对接分数
和对接参数去判断他们对接的一个合理性
那么其实我们通过其他的软件
还可以进行更深入的一些研究
比如说我们刚才保存了这一个结构以后
我们可以把它导到其它软件里面
去看它更多的相互作用
包括疏水 范德华
是吧
包括P-π共轭这些都可以看得到
那么在以后的操作里面
我们将继续跟大家进行深入的一个探讨
至此我们已经完成了
小分子 大分子的简单对接操作
那么以后我们将继续进行更复杂的
对接操作指导
谢谢大家
-1.1 CADD-Where am I coming from？
--1.1 CADD-Where am I coming from？
-1.2 CADD-My Value
-1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
--1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
-1.4 CADD-Friendship with undergraduates
--1.4 CADD-Friendship with undergraduates
-Unit test 1
-2.1 The mystery of drug structure
--2.1 The mystery of drug structure
-2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
--2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
-2.3 The magical journey of drug discovery
--2.3 The magical journey of drug discovery
-Unit test 2
-3.1 Brief introduction of CADD's main methods
--3.1 Brief introduction of CADD's main methods
-3.2 QSAR
--3.2.1 The quantitative structure-activity relationship theory
--3.2.2 The quantitative structure-activity relationship methodology（1）
--3.2.3 The quantitative structure-activity relationship methodology（2）
--3.2.4 The quantitative structure-activity relationship methodology（3）
--3.2.5 The operation of quantitative structure-activity relationship （1）
--3.2.6 The operation of quantitative structure-activity relationship （2）
--3.2.7 The operation of quantitative structure-activity relationship （3）
-3.3 Molecular docking
--3.3.1 The molecular docking theory
--3.3.2 The molecular docking methodology
--3.3.3 The operation of molecular docking（1）
--3.3.4 The operation of molecular docking（2）
--3.3.5 The operation of molecular docking（3）
-3.4 Pharmacophore
--3.4.1 The pharmacophore theory
--3.4.2 The pharmacophore methodology
--3.4.3 The operation of pharmacophore（1）
--3.4.4 The operation of pharmacophore（2）
--3.4.5 The operation of pharmacophore（3）
--3.4.6 The operation of pharmacophore（4）
-3.5 Homology modeling
--3.5.1 The homology modeling theory
--3.5.2 The homology modeling methodology（1）
--3.5.3 The homology modeling methodology（2）
--3.5.4 The operation of homology modeling（1）
--3.5.5 The operation of homology modeling（2）
--3.5.6 The operation of homology modeling（3）
--3.5.7 The operation of homology modeling（4）
--3.5.8 The operation of homology modeling（5）
-Unit test 3
-4.1 Comprehensive case I
--4.1.1 Comprehensive case I-Homology modeling
--4.1.2 Comprehensive case I-Operation
-4.2 Comprehensive case II
--4.2.1 Comprehensive case II –QSAR
--4.2.2 Comprehensive case II -Operation
-4.3 Comprehensive case III
--4.3.1 Comprehensive case III -3D-QSAR and molecular docking
--4.3.2 Comprehensive case III -Operation（1）
--4.3.3 Comprehensive case III -Operation（2）
-4.4 Comprehensive case IV
--4.4.1 Comprehensive case IV -Pharmacophore
--4.4.2 Comprehensive case IV-Parameter explanation
--4.4.3 Comprehensive case IV -Operation
--4.4.4 Comprehensive case IV -Analysis and interpretation
-Unit test 4
