3.5.6 The operation of homology modeling（3）在线视频

刚才我们已经构建了这个蛋白的一个保守区

那么接下来我们将构建它的一个loop区

同样这个点击这个左下角的search loop

稍等片刻以后

我们就有结果出来

同样他选择了这个F4

作为我们主要的一个模型

上面有相应的信息的一个介绍

它会告诉我们有几个gap

每个gap里面有多少氨基酸存在

每个gap里面这个空隙处有多少个氨基酸

首先选择第一个gap

我们可以看到它下面有很多个对话框

这个gap第一个21到25

这是60到65

通过不同的点击它会告诉你这个区域在哪里

可以看到它的长度

这个代表的是它使用的一种方法

那么这个方法代表的是一个什么

用D代表的是它基于一个fragment database的

它是通过一个数据库的一个搜寻

用碎片库进行一个补充

那么A代表的是一个从头计算的方法

H代表的是同源模建的方法

在这一边这个n-terminal或者是说c-terminal

这个是代表的是n-terninal是第一个氨基酸

C-terminal代表的是最后一个氨基酸

基本的信息

我们应该知道它到底是什么意思

前面这个Q代表的

我们要进行处理的这些序列

所以说我们接下来

那么就要进行一个陆续的一个搜索

通过这个方法去搜索这个loop区

点击search loops

就开始进行了相应的一个运算

经过一段时间的运算

这个serach loop这一个结果我们已经看到了

我们保证还是选择F4

通过这个模型选择F4

仍然还有这么多信息

就会补齐这些信息

那么我们的gap还是

确定好是21号

这个时候就得到了结果

可以通过刚才所说的DH的方法

我们得到了这个loop name

用这些loop name来构建他这一个区域的一个结构

有各种各样的loop

那个loop的name

我们的这一个end point就是氮端和碳端

它是什么位

要么它的长度是怎么样的

是吧

然后他来源的什么方法

它的rmsd值的偏差是多少

那么EK表示的就是说它的一个能量是什么样的

ESST这表示的它的一个

限制性的一个环境变量

LCE左边是它的一个冲突

原子的这一个为主的一个冲突有关

那么CR代表的它是主要的是一个

CODA的一个等级的分级变量

这个Run代表他自己是运行的次数

loop search的次数

这个前面这个小加号

就代表是我们想用这一个片段来替换

这一个GAP

我们可以看看一下其他的一些片段

点击这个前后左右

我们就可以看到分别用不同的片段看一下

要匹配

就把不同的片段加在这里面

出现了加号

就代表我是要从这么多候选中选一个

去把他替换掉

那么大家可以通过后面的参数

去选择你想要用于建立

这一段loop的这一个结构

那么可以通过rmsd

有的时候可以考虑到rmsd值

就是考虑到EK就正能量

我们可以通过相应的方法

可能它来源于不同的方法得到的

那么这个我们通过不同的方式

那么在这一例里面

我们主要我们选择的这一个gap

glu21

G21以后的这四个氨基酸的gap

我们选择1KIH22

作为它的模板

他可能RMSD是最小的

变动最小

要选择它怎么选

那么点击它以后

首先把看图的这个全部去掉

那么在这个里面我们点击一个mark

那点击了mark以后

我们就代表我们是要用这一段loop

去替换我们的这个GAP或者是构建这个GAP

同样我们建立好这个gap以后

我们要移到下面一个gap

就在这里我们可以选择第二个gap

那么同样的它也是列了

那么一系列的这个可以用于建立这一段gap

这一段loop的name

和loop的一个结构和它的一些参数

同时参数进行相应的选择

那么在这里

我们选择IKIH 61作为它的一个填充

就是说作为这一段建模的这个loop区

可以看到

我们来看一下它是不是rmsd最小的

对1KIGH 61

当然你可能去观察其他的

那么就点击左右的这个按键

看他来匹配

比如说大家在做自己的项目中就可以

多看一下哪些序列

你觉得合适就选择哪些序列

你觉得合适的时候还要看

后面这些参数合不合理

这个能量

RMSD或者方法对吧

我们把这个mark掉

也就是说在这个gap里面

我们用这一loop进行一个建模

那我们再移到第三个gap

那么它第三个gap

在本例中它主要是从能量这一块去考虑的

他这还不是绝对从能量去考虑的

它这里应该是选择是同一个系列的

那么也是1KIH的这个135这个系列的

然后去建立这个模型

大家可以根据自己的需求

或者根据自己的方法那么去选择

这里只是跟大家做一个讲解

最终我们还是要看

最后的评价结果这个结构是否合理

我们mark下

我们还是选择1KIH 135这一块

去建立这个gap的模型

每一个都要看一下172

那么它这里选择的是1TON ATM85

基本上是通过这个能量这个参数来选择的

那么再往下

190到196这五个

那么主要它选择的是1HCGA 201

那这个基本上它也是通过这个EK来选择的

这个都是正确的

所以我们不需要进行相应的一个修改

那么我们看到最后一个区域

也就是说231到241这个区域

同样我们参考的方式

大家可以通过能量

或者是通过这些参数去选择

那么在本例中

我们看他选择的是PIP1A 228

我们看P1A28它到底是一个什么样的参数

它这里选的是这个P1A228

可能就是说在RMSD这一块也不是最小的

但是它是同源模建构成的

它不是从头计算

他是用同源模建构成的序列

这个例子我们暂时就还是这样操作

参考他的这个demo进行操作

至于他怎么去选择这一个序列

可能是综合考虑到

后面针对蛋白结构的这一个分析

那么可能选择的这个loop建模

那么有可能是考虑到这个

并不是完全单纯的考虑

这个里面的这个能量的关系

这个就告诉大家有一点就是在构建这个同源模建

我们是要进行反复的一个尝试

那么以期得到一个合理的这个结果

我们操作还是按照它的一个demo来进行

那我们把它mark掉

通过这一个loop

来构建它的gap的区域

当我们选择好

要替换的或者要构建的这个结构以后

就可以把mark的loop全部连接到我们这个gap中间去

那么join all marked loop

好

经过一段时间的构建

我们发现模型的名字已经变了

是代表我们已经修复过它gap的一个模型

新的名字叫A5

那么这里面我们可以发现

在这个我们没有缺失的这个residue

那么他的状态已经发生了更新

gap已经补齐了

但是我们的侧链还存在

所以接下来我们就要补齐侧链

我们点击models sidechains

models sidechains相对于补齐loop相对而言就会简单很多

它是直接通过 构建这个侧链

经过短暂的运算

已经出来

在这里我们要注意的

我们要把这个点上

那在此呢就我们要能够它是通过同源模建

通过同源性

这个类似物中我能够去把他的一个侧链的结构能够借过来

同时我们选择这个borrow option这个指令

restrict的这个选择

我们选择这个

chi 1+2+3/ restrict 1+2

我们选择这个方法

当然这里还有很多种方法

具体的这个方法的解释

我们可以看一下 Menu

那么它可能是针对一些不同的这一种体系

当选择好这几个参数以后

那我们就可以

添加他的一个侧链了

这个是代表他从数据库中

这个刚才这个指令

大概介绍一下

他可能就是说通过一个数据库或对database的一个搜索

去找到

侧链的这一种结构的方法

我们选择那么这一种方法

在这个里面基本上就直接可以点击加上侧链

当我们加上侧链以后

在我们这个

status这个栏里面就已经没有了miss

我们这里就已经是代表它已经连接上去了

这个时候我们可以通过简单点击

这个visualize sidechain

clash就是说侧链的冲突

我们看这个添加的侧链合不合理

拿出来看一下

在这个里面跟刚才是一样的

蓝色的基本上代表它合理的

有原子存在部分的这一个是冲突的

黄色的或者红色

从这里面我们可以看到

这个模型建立的侧链基本上来说都是合理的

那么可能少部分的这一块存在着空间的或者立体的这个冲撞或者位阻

到此为止

基本上来说就已经构建好了

通过一个同源蛋白的三维结构

提问序列的三维结构

这个只是初步构建好了

这个模型

或者这个结构能不能用于以后的基于

受体的构效关系研究

还要对这一个结构

进行相应的一个合理性的评价

那就是下一节的实操我们想教给大家的内容