当前课程知识点：Computer-Aided Drug Design > Chapter four: Comprehensive case analysis > 4.3 Comprehensive case III > 4.3.3 Comprehensive case III -Operation（2）
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同样的还是要保存我们的pls分析
那么回到主界面上看
我们的R2等于0.884
然后就可以结束了我们的pls计算
点击end
将我们的这个表单
保存成comsia的测试表单
点击OK保存
我们就可以把这个表单关闭了
然后打开我们comsia的原始表单
然后来计算我们的预测值
点击右键
找到predict
然后在predict里面我们要选择recall another的
来自我们桌面的文件点击OK
然后在这里选上我们上一步的comsia测试表单
然后找到我们计算R2时候的2.pls点击OK
那么对我们的新的一列命名为pre
点击OK
我们的预测值结果已经显示出来了
为了更直观的去表示我们的结果
我们可以计算一下我们的预测值与
实际值之间的一个差值
选择functional data
然后在里面输入我们的公式
Pre-PIC50
点击OK
最后我们的差值也算出来了
我们可以看见我们所有的差值
都没有超于1
那证明我们这个模型的建立相对还是比较成功的
将我们的整个结果保存下来
点击save as
然后保存成comsia结果文件
点击OK
那么当我们的comsia计算结束之后
我们可以来检查一下
我们comsia五个场不同的等势图
我们首先将我们的结果表单关闭
然后打开我们的comsia预测表单
comsia test.tbl
点击OK
我们点击qsar
view qsar里面选择comsia
就可以看到我们的等势图了
可以看到它出现了五个不同的场
首先我们来观察一下我们的立体场
绿色的80%
黄色的20%
表示当绿色出现的时候
我们有体积大的基团
在这个位置上对我们的活性提高是有一定的帮助的
我们将这个钩钩取消
它就会显示在我们的主屏幕上
然后点击show and quit
同样的将我们的化合物38活性最好的一个化合物
也放在我们的主桌面上
我们可以看到我们的立体场等势图已经显示出来了
我们可以看到在我们的R1位置上
假如我们连接上的是一个小体积的基团
就是对我们的活性提高会有所帮助
同样在R3这个位置上
如果我们连接一个大体积的基团
对我们的活性提高也是有帮助的
接下来回到我们的表单当中
我们可以看一下我们的电场的等势图
也是点击view qsar comsia
然后选择我们的电场
点击show and quit
然后把我们38号化合物放到我们的桌面上
这就是我们电场的一个等式图
蓝色的部分表示我们在这个地方引入
正电性的集团
对活性提高有帮助
红色就是相反引入负电性的基团对活性的提高
会有帮助
那么接下来我们再看一下我们的疏水场
同样点击view qsar comsia
选择疏水场
点击show and quit
然后将38号化合物放在我们的主桌面上
这就是我们的疏水场的一个等势图
黄色的部分表示引入疏水性集团
将会对活性有提高
白色的则相反
我们可以很直观的看到
我们在R1的位置上
假如我们引入一个亲水性的集团
对我们的活性提高是会有比较大的一个帮助
那么接下来我们再看一下我们的氢键供体场
点击QSAR VIEW QSAR COMSIA
找到我们的DONER
然后点击SHOW AND QUIT
这就是我们的氢键供体场
氢键供体场紫色的部分表示
如果我们在
这个地方引入了一个氢键供体的基团的话
将会降低我们整个化合物的一个活性
最后我们再来看一下我们的氢键受体场
点击acceptor
同样的也是show and quit
要将化合物38放回我们的主桌面上
看到的这个就是我们的一个
氢键受体场的一个等势图
紫色的部分表示引入氢键的受体
对我们的整个活性提高有正面的作用
而红色就是相反引入了
氢键受体基团对活性的提高
是没有任何正面性的作用
我们comsia的分析就
分析完我们五个不同的场了
为了验证我们的化合物与我们蛋白之间的作用模式
接下来我们就采用分子对接来验证一下
首先我们找到application
里面有个docking
然后我们找到dock ligands
在dock ligands里面
我们首先选择define
defeine我们可以将我们的protein structure
改成我们所下载好的PDB格式
然后从我们的文件夹里面找到2WIH.PDB
然后点击OK
然后接下来我们对我们的蛋白进行一定的处理
首先在remove structures里面
我们先把水全部都去掉
我们可以看到红色的点就是我们的水
我们在R里面把我们的C
还有D不要的配体都给去掉
由于我们的蛋白
它的A列和C列是重复的
而D链也是我们所不需要的
所以我们就可以将它们
C链跟D链都删掉
我们可以选pick from screen
然后找到residuce里面的chains C还有D
我们点击OK
这样都去掉了
我们从extract ligand
里面找到我们所需要的配体
把它设为我们的对接的位点
当选择好之后
我们点击analyze
在基本的对接当中
我们只需要把氢原子加上就好了
然后就可以点击return回到上一步
由于我之前已经生成过了
所以我们这里直接选择overright
然后在这一步里
我们就要生成我们的口袋
点击generate
我们可以看到白色的就是我们
刚刚所设置的位点的位置
然后我们在ligand souorce
配体的来源里面选择我们的38号化合物
它是我们活性最高的一个化合物
找到我们的数据库
然后找到38号化合物
然后点击OK就开始运行我们的对接
我们这些结果已经做好了
我们可以看到它的对接分数是5.8916
还算是一个相对可以的对接分数
然后我们首先可以观察一下它在蛋白当中
口袋当中的一个情况
我们选择口袋
那在这里选择我们的蛋白2WIH
点击OK
我们可以看到我们的小分子配体
在我们口袋的一个凹槽的地方
证明了它
与我们的蛋白还是具有一个较好的一个结合模式
我们先把我们的口袋去掉
我们再看一下它与我们蛋白结合的时候
与哪些关键氨基酸形成了氢键
我们先把两个氨基酸选中
然后点击label
然后就可以显示它们两个的名字
分别是LYS33
还有GLU51
-1.1 CADD-Where am I coming from？
--1.1 CADD-Where am I coming from？
-1.2 CADD-My Value
-1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
--1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
-1.4 CADD-Friendship with undergraduates
--1.4 CADD-Friendship with undergraduates
-Unit test 1
-2.1 The mystery of drug structure
--2.1 The mystery of drug structure
-2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
--2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
-2.3 The magical journey of drug discovery
--2.3 The magical journey of drug discovery
-Unit test 2
-3.1 Brief introduction of CADD's main methods
--3.1 Brief introduction of CADD's main methods
-3.2 QSAR
--3.2.1 The quantitative structure-activity relationship theory
--3.2.2 The quantitative structure-activity relationship methodology（1）
--3.2.3 The quantitative structure-activity relationship methodology（2）
--3.2.4 The quantitative structure-activity relationship methodology（3）
--3.2.5 The operation of quantitative structure-activity relationship （1）
--3.2.6 The operation of quantitative structure-activity relationship （2）
--3.2.7 The operation of quantitative structure-activity relationship （3）
-3.3 Molecular docking
--3.3.1 The molecular docking theory
--3.3.2 The molecular docking methodology
--3.3.3 The operation of molecular docking（1）
--3.3.4 The operation of molecular docking（2）
--3.3.5 The operation of molecular docking（3）
-3.4 Pharmacophore
--3.4.1 The pharmacophore theory
--3.4.2 The pharmacophore methodology
--3.4.3 The operation of pharmacophore（1）
--3.4.4 The operation of pharmacophore（2）
--3.4.5 The operation of pharmacophore（3）
--3.4.6 The operation of pharmacophore（4）
-3.5 Homology modeling
--3.5.1 The homology modeling theory
--3.5.2 The homology modeling methodology（1）
--3.5.3 The homology modeling methodology（2）
--3.5.4 The operation of homology modeling（1）
--3.5.5 The operation of homology modeling（2）
--3.5.6 The operation of homology modeling（3）
--3.5.7 The operation of homology modeling（4）
--3.5.8 The operation of homology modeling（5）
-Unit test 3
-4.1 Comprehensive case I
--4.1.1 Comprehensive case I-Homology modeling
--4.1.2 Comprehensive case I-Operation
-4.2 Comprehensive case II
--4.2.1 Comprehensive case II –QSAR
--4.2.2 Comprehensive case II -Operation
-4.3 Comprehensive case III
--4.3.1 Comprehensive case III -3D-QSAR and molecular docking
--4.3.2 Comprehensive case III -Operation（1）
--4.3.3 Comprehensive case III -Operation（2）
-4.4 Comprehensive case IV
--4.4.1 Comprehensive case IV -Pharmacophore
--4.4.2 Comprehensive case IV-Parameter explanation
--4.4.3 Comprehensive case IV -Operation
--4.4.4 Comprehensive case IV -Analysis and interpretation
-Unit test 4
