当前课程知识点：Computer-Aided Drug Design > Chapter four: Comprehensive case analysis > 4.3 Comprehensive case III > 4.3.2 Comprehensive case III -Operation（1）
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同学们
前面我们已经实际重现了两个案例
那么现在我们趁热打铁
紧接着上一节课的内容
我们现在来对CDK2抑制剂
3D-QSAR和对接研究进行软件实操
让同学们能进一步掌握
定量构效关系这一技能操作
首先我们打开我们的数据库
database
然后在database里面选择ALIGN DATABASE
然后在 template molecule里面
选择我们的模板分子38号
点击OK
然后找到我们的公共骨架结构
选好之后直接点击OK
然后点击apply
那我们整个数据库的叠合已经完成了
然后将我们的新的数据库进行命名
接下来我们可以将屏幕清空
然后以表单的形式打开我们的数据库
这是我们叠合后的一个数据库
那么接下来我们将它的活性数据进行导入
那么在导入的时候
同时我们也可以
手动的输入每一个活性数据都是可以的
那么当活性数据都导入成功之后
我们就来计算一下它的comfa
找到comfa
然后设置上基本上都不需要做改动
直接点击OK
我们看到所有的comfa结果都已经算好了
我们首先将这个表单进行保存
为原始的表单
那么下一步我们就可以删我们的测试集部分
然后来计算我们的R²跟Q²
在我们文章当中选择的是3号
点击delete
然后是7号
然后是9号
10号
17号
然后是21
23
26
还有我们最后一个65
还有一个65
还有一个56
那么当我们测试集全部删去之后
我们选中PIC50和comfa两列数据
来计算我们的pls
首先选择leave one out
然后把use sample去掉
在这里打上2.0
然后直接点击do pls就可以计算了
然后问我们是否要保存
这个pls的分析
那我们点击OK
那么回到主桌面上看一下我们的Q2
0.296跟我们文献上的0.64是略有区别
主要可能是因为我们所做操作的时候
的优化方式不一样而造成的结果
那么下一步我们来就算我们的R2
同样也是点击OK保存
我们可以看到我们R2等于0.857
也是跟原先的0.959有一些不一样
那么当我们这些都做完之后
我们就可以点击保存
将它保存为comfa
然后点击OK
接下来我们重新打开我们的原始表单
来计算我们的实际值
与预测值之间的差值
首先我们找到predict
然后找到我们刚刚的文件
叫做comfa test
点击OK
点击OK
然后这里选到我们计算comfa时候的2.pls
我们要将它命个名叫做PRE
那我们根据comfa模型计算
出来的预测值都在这边了
接下来我们就可以
对他们两个的差值进行一个计算
选择functional data
然后可以在这里写上pre-pic50
点击ok
那我们就可以看到它们的差值都出现了
简单的看一下
基本上是没有超过1的
说明我们这个模型的建立还是比较成功
我们也可以将这个结果进行保存
保存成comfa结果
点击OK
接下来我们再看一下我们comfa的
两种不同的等势图
打开comfa test的文件
我们点击view qsar里面选择comfa
我们可以先看我们的立体场
将examine predocted vs actual去掉
它就会在我们的主屏幕上显示
我们点击show and quit
就可以看到它已经出来了
我们再打开我们的表单
找到我们的38号化合物
将它放置到我们的主界面上
我们的结果就可以看到了
绿色这个地方表示我们引入大基团的话
对活性的提高有帮助
而相反的在R1这边引入黄色的小的基团
对我们活性提高有帮助
我们也可以对屏幕进行清空
我们接下来再看一下我们的电场
在这里选择电场
点击show and quit
选择电场
点击show and quit
然后同样的找到38号化合物
这里就显示了红色的地方是我们引入
负电子基团对活性的提高有帮助
如果是在蓝色的地方引入正电性
基团也对活性提高有帮助
所以说我们在r1附近引入负电子基团
对活性提高有帮助
那么在做完我们的comfa分析之后
接下来我们将要做一个comsia的分析
也就是比较分子相似性的分析
首先我们打开刚刚做comfa的时候保存的
原始表单
打开之后
我们就可以计算我们的comsia值
我们点击右键
找到comsia
然后点击OK
那么因为在文献当中
他所选择的
comsia的计算是有五个场组成的
分别是立体场
静电场
输水场
氢键供体场以及氢键受体场
所以我们同样的
在这里我们也选择这五个场进行计算
然后点击OK
那么经过一段时间的计算之后
我们comsia五个场的结果都计算出来了
首先我们可以将这个表单
保存为我们的comsia原始表单
当保存完之后
接下来我们同样的
是要将我们之前选好的测试集所删去
首先我们要删掉我们测试化合物3
然后是化合物7
化合物9
然后是化合物10
17
化合物21
23
26
41
56以及最后一个65
一共11个测试集
然后当我们把所有的测试集都删去之后
我们可以选择我们的PIC50的数值
还有comsia五个场不同的数值来计算我们的pls
我们点击qsar
pls
首先我们计算leave one our来计算我们的Q2
同样的设置
然后点击do pls
pls分析保存
点击OK
回到主界面上
看到我们Q2是0.362
这个跟我们原来文献当中的数值也是有一些不一样
这个主要也是由于我们的
小分子结构在优化时候不同所造成的一个差异
接下来我们用no validation选来计算我们的R2
点击do pls
-1.1 CADD-Where am I coming from？
--1.1 CADD-Where am I coming from？
-1.2 CADD-My Value
-1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
--1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
-1.4 CADD-Friendship with undergraduates
--1.4 CADD-Friendship with undergraduates
-Unit test 1
-2.1 The mystery of drug structure
--2.1 The mystery of drug structure
-2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
--2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
-2.3 The magical journey of drug discovery
--2.3 The magical journey of drug discovery
-Unit test 2
-3.1 Brief introduction of CADD's main methods
--3.1 Brief introduction of CADD's main methods
-3.2 QSAR
--3.2.1 The quantitative structure-activity relationship theory
--3.2.2 The quantitative structure-activity relationship methodology（1）
--3.2.3 The quantitative structure-activity relationship methodology（2）
--3.2.4 The quantitative structure-activity relationship methodology（3）
--3.2.5 The operation of quantitative structure-activity relationship （1）
--3.2.6 The operation of quantitative structure-activity relationship （2）
--3.2.7 The operation of quantitative structure-activity relationship （3）
-3.3 Molecular docking
--3.3.1 The molecular docking theory
--3.3.2 The molecular docking methodology
--3.3.3 The operation of molecular docking（1）
--3.3.4 The operation of molecular docking（2）
--3.3.5 The operation of molecular docking（3）
-3.4 Pharmacophore
--3.4.1 The pharmacophore theory
--3.4.2 The pharmacophore methodology
--3.4.3 The operation of pharmacophore（1）
--3.4.4 The operation of pharmacophore（2）
--3.4.5 The operation of pharmacophore（3）
--3.4.6 The operation of pharmacophore（4）
-3.5 Homology modeling
--3.5.1 The homology modeling theory
--3.5.2 The homology modeling methodology（1）
--3.5.3 The homology modeling methodology（2）
--3.5.4 The operation of homology modeling（1）
--3.5.5 The operation of homology modeling（2）
--3.5.6 The operation of homology modeling（3）
--3.5.7 The operation of homology modeling（4）
--3.5.8 The operation of homology modeling（5）
-Unit test 3
-4.1 Comprehensive case I
--4.1.1 Comprehensive case I-Homology modeling
--4.1.2 Comprehensive case I-Operation
-4.2 Comprehensive case II
--4.2.1 Comprehensive case II –QSAR
--4.2.2 Comprehensive case II -Operation
-4.3 Comprehensive case III
--4.3.1 Comprehensive case III -3D-QSAR and molecular docking
--4.3.2 Comprehensive case III -Operation（1）
--4.3.3 Comprehensive case III -Operation（2）
-4.4 Comprehensive case IV
--4.4.1 Comprehensive case IV -Pharmacophore
--4.4.2 Comprehensive case IV-Parameter explanation
--4.4.3 Comprehensive case IV -Operation
--4.4.4 Comprehensive case IV -Analysis and interpretation
-Unit test 4
