当前课程知识点：Computer-Aided Drug Design > Chapter three: The present life of CADD > 3.4 Pharmacophore > 3.4.6 The operation of pharmacophore（4）
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隔了一段时间以后
大家就可以发现
在TABEL就多了一列
那么就是利用这种方式
去生成的CONFORMER生成了构象
同样生成构象以后
我们同样要给它一个约束条件
进行相应的一个叠合
跟刚才一样16
同样我们把这个features的类型
进行相应的设置
DONER-SITE我们选择大于三
ACCEPTOR-ATOM选择大于一
HYDROPHOBIC大于二
点击ok
在这里同样的
其它的我们保持不变点击OK
那么这个时候我们开始可以
compute models
也就是说可以开始叠合了
好
大概隔了一段时间
这个根据个人电脑而已
那么就弹出了结果
那么利用DISCOtech我们优化以后
那么得到两个模型
同样的
我们来看一下这两个模型的样子
点击这个3D
我们就可以看到这两个模型
可以发现跟刚才那个出现了一个明显的差异
那么接下来我们同样以MODEL 1为例
利用GASP
基于这种叠合方式
去生成一个药效团模型
那我们得到了一个合理的叠合方式以后
你用GASP方法去生成一个药效团模型
那么怎么操作
我们首先选择这个MODEL 1
然后在PMA中间
我们选择REFINE MODEL WITH GASP
我们弹出了相应的对话框
这个里面主要操作的其实很简单
我们在GASP DETAILS里面
我们选择
这个里面的参数
可以根据大家的需求
进行相应的一个调整
在这里我们就保持默认
直接点击OK
还有一个参数的调整
在这里我们把这个选成五百万
那么其他参数
我们在这个案例中
保持不变
那么当然
大家如果说
在各自的具体的实例中
那么这些参数我们可以进行相应的调整
我们看它
到底会产生一个什么样的一些差异
在这里我们只把它的这个
步数
也就是说
最大的这个操作步数
我们进行了相应的调整
点击OK
接下来我们就可以进行相应的运算
当然这里面还有一些其他的选项
大家可以在
sybyl软件里面
这个bookshelf 里面
进行近一步的查看它的功能
当然我们以后的课程如果涉及到
我们也会进行相应的一个讲解
我们这里就可以开始计算
药效团模型
大家可以看到在这个终端栏里面
它就不停的在跳动
这个代表他正在计算
可能根据不同的电脑
它计算的时间会有所不同
好
那么gasp经过一定的操作
一定的时间的等待
利用gasp
那么在刚才我们得到的比较好的对接的
叠合构象的基础上
我们已经生成了我们最终想要的药效团模型
那么这里得到了四个药效团模型
我们可以点击这个3D这个按钮
我们就可以看到这些药效团模型长得什么样
我们可以看药效团的样子
那么假设我们最终想要的药效团模型
我们不需要这么多的一个官能团在里面
我们只需要其中的一部分
那我们怎么操作
也就是说对药效团模型我们如何进行它的一个编辑
我们还是以model 1为例
首先我们把原始的model 1
放到molecule area里
可以看到这是它的一个原始的model
那么接下来
我们可以对它进行相应的编辑
点击PMA
edit model from alignment
我们就可以看见之前我们是选择了所有的
这个药效团和官能团
那么这个时候
我们比如说我们现在只想保留acceptor
hydrophobic
我们就可以把这些勾去掉
只保留这个同时我们可以把它的参数进行相应的改变
比如这个是1.0
我写成1.25
扩大一下
那么其他的我们可以保持不变
我们可以生成query
好
这个时候我们就生成了一个新的编辑好的药效团模型
同样把它加到这个表单里面
之前我们还是保留啊好
这个时候
我们这里就出现了一个新的这个药效团模型
那么点击Done
那我们就来看一下他们两个到底有什么不同
编辑前和编辑后的
我们刚才已经去掉了一些药效团模型
对吧
那么他们肯定会存在着不同
我们刚才已经把这个model 1放到界面
我们现在只用把这个model
这第五个再放到molecule area里面
点击OK
那么还原一下
这个时候我们点击这个按钮
我们就可以观察到了
那么这两个前面的是代表显示分子
我们可以看到分子其实是一样的
但是药效团可能就有差异了
这个background就显示的药效团啊
好
我们把原始的去掉
我们就可以看到我们编辑后的
相当于原始的我们少掉了氢键的供体
我们这个是我们编辑后的
我们可以看到它只有疏水和氢键受体
没有氢键供体
把它去掉我们看一下
原来的除了这个疏水中心
还有氢键供体氢键受体
同时它的疏水中心的
大小明显的
跟我们这个也不同
也就是告诉大家
其实生成的药效团以后
我们是可以对它进行编辑的
我们只需要选择其中的一部分
那么作为我们的虚拟筛选策略也是可行的
当我决定好了以后
我们就可以直接在file里面
export
那我们就可以把我们修正的这个药效团模型
单独的进行保存
从而把它变成
一种我们筛选搜寻的一种策略
好
那么今天
要带给大家的就是利用
DISCOtech和gasp
这两种方法去构建一个药效团模型
那么DISCOtech主要是针对化合物的构象
利用他们的官能团
也就特征团去进行分子构象之间的叠合
但我们得到了一个比较好的叠合
叠合的这一个结果的基础上
我们可以进一步利用gasp去生成这一类化合物的药效团模型
那么深层的要求模型后
我们还可以对它进行编辑
那么得到最终的药效团模型
然后利用这些小模型进行相应的虚拟筛选
好
今天的实操到这里
谢谢大家
-1.1 CADD-Where am I coming from？
--1.1 CADD-Where am I coming from？
-1.2 CADD-My Value
-1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
--1.3 CADD-Application of CADD in the School of Pharmacy
-1.4 CADD-Friendship with undergraduates
--1.4 CADD-Friendship with undergraduates
-Unit test 1
-2.1 The mystery of drug structure
--2.1 The mystery of drug structure
-2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
--2.2 Drug activity decryption-receptors and ligands
-2.3 The magical journey of drug discovery
--2.3 The magical journey of drug discovery
-Unit test 2
-3.1 Brief introduction of CADD's main methods
--3.1 Brief introduction of CADD's main methods
-3.2 QSAR
--3.2.1 The quantitative structure-activity relationship theory
--3.2.2 The quantitative structure-activity relationship methodology（1）
--3.2.3 The quantitative structure-activity relationship methodology（2）
--3.2.4 The quantitative structure-activity relationship methodology（3）
--3.2.5 The operation of quantitative structure-activity relationship （1）
--3.2.6 The operation of quantitative structure-activity relationship （2）
--3.2.7 The operation of quantitative structure-activity relationship （3）
-3.3 Molecular docking
--3.3.1 The molecular docking theory
--3.3.2 The molecular docking methodology
--3.3.3 The operation of molecular docking（1）
--3.3.4 The operation of molecular docking（2）
--3.3.5 The operation of molecular docking（3）
-3.4 Pharmacophore
--3.4.1 The pharmacophore theory
--3.4.2 The pharmacophore methodology
--3.4.3 The operation of pharmacophore（1）
--3.4.4 The operation of pharmacophore（2）
--3.4.5 The operation of pharmacophore（3）
--3.4.6 The operation of pharmacophore（4）
-3.5 Homology modeling
--3.5.1 The homology modeling theory
--3.5.2 The homology modeling methodology（1）
--3.5.3 The homology modeling methodology（2）
--3.5.4 The operation of homology modeling（1）
--3.5.5 The operation of homology modeling（2）
--3.5.6 The operation of homology modeling（3）
--3.5.7 The operation of homology modeling（4）
--3.5.8 The operation of homology modeling（5）
-Unit test 3
-4.1 Comprehensive case I
--4.1.1 Comprehensive case I-Homology modeling
--4.1.2 Comprehensive case I-Operation
-4.2 Comprehensive case II
--4.2.1 Comprehensive case II –QSAR
--4.2.2 Comprehensive case II -Operation
-4.3 Comprehensive case III
--4.3.1 Comprehensive case III -3D-QSAR and molecular docking
--4.3.2 Comprehensive case III -Operation（1）
--4.3.3 Comprehensive case III -Operation（2）
-4.4 Comprehensive case IV
--4.4.1 Comprehensive case IV -Pharmacophore
--4.4.2 Comprehensive case IV-Parameter explanation
--4.4.3 Comprehensive case IV -Operation
--4.4.4 Comprehensive case IV -Analysis and interpretation
-Unit test 4
