4.4.3 Comprehensive case IV -Operation在线视频

我们下边就开始进行一个操作的演示

首先我们打开桌面上的sybyl软件

然后进入这样一个界面

首先映入眼帘的就是黑色的一个主屏幕

这个屏幕是sybyl的一个主界面

一会的所有操作都是在这里边进行的

并且药效团的结果也是会在这里边呈现

方便我们进行分析

大家也可以把这个主屏幕改成其他的颜色

因为一会儿我们药效团的颜色比较浅

所以就还是用它默认的黑色就好

如果大家想改

改屏幕颜色的操作是在这行这个地方

有一个图画版的样子

点击一下进入

这边有一个背景修改

点击一下

然后默认都是黑色

我们可以拖动滑块

把它放到白色的地方

这样的话点击应用

这个屏幕背景都变成白色了

我们现在要把它再改回来黑色

点击应用

点击叉号关闭就行了

就是修改的话在这个地方进行修改

我们打开sybyl的第一步就是要设置路径

因为它最后是在所有的计算结果都在

一个默认的路径下面

但是我们的所有结果都摆存在默认路径下面

会导致默认路径里边的储存太满

然后不太就是使我们整体的一个电脑运行变慢

所以我们就要改一下它的路径

改路径的好处在于我们可以把我们的所有计算结果进行一个存储

方便管理

我们也可以把它copy paste

复制粘贴出来

进行另外的一个储备

设置默认路径的地方

就是在第一行的菜单栏

倒数第二个

这边有个设置

这里有第二个选项

就是设置默认路径的地方

我们点击一下

进入设置默认路径的窗口

这边可以看到这里边都是所有的文件夹

我们要选择其中的某一个文件夹

我们要选择这个文件夹

从这个图面上可以看到

中间这一栏也有一个跟他一样的文件夹名字

我们要选择路径的时候是要点击最右侧的

我们不能点击中间

中间的话点一下是打开的意思

只能选中路径

就是点击最右侧的框里边的名称

然后点击OK

这样路径都设置好了

所有计算结果都会在文件夹里边保存存储

设置好路径以后

我们接下来就要开始进行药效团筛选

药效团构建

再进行药效团构建的时候

首先就是要准备化合物

就是用sybyl里边的自己画图的模式来进行构建

或者使用Chemdraw 3D来进行画图

但是所有的画图

化合物的一个构件都需要进行

命名sybyl里边的命名sybyl里面的优化

我们就简单演示一下

在sybyl里面怎么构建化合物结构

然后命名

优化

我们就点击一下这个地方

它会进入一个画图的界面

在画图界面里边

我们首先是选中了这两个红色高亮

被选中的是一个铅笔和一个碳原子

我们这边点击一下黑色的屏幕中间

它就会出现一个加号

这个加号是代表碳的意思

我们在随便找一个方向点击一下

然后它就自动的把两个碳连接起来

再随便的点击一下方向

它就也自动地连成了一个线

然后这里边还会用到的一个是苯环的一个快捷方式

我们选中苯环

然后点击一下这个地方

它就会自动再连接上

如果点击一下它没有反应

我们再点击一下它就会出现的

大家可能想对某个碳进行修改

比如说这个是一个甲基

但是我们想把它改变成一个氧

或者硫这样的一个其他元素

修改的话是

首先要选中想要修改的原子类型

然后就是要变换一下他的模式

要改成这边修改类型的模式

同时修改类型模式

和氧或者硫这两个高亮显示

在想要修改的地方点击一下

它就自动的修改好

这边画完以后发现并没有加氢

极性化的氢和非极性化的氢都没有添加上去

那么我们可以进行统一的加氢

加氢的话就是在这个地方有一个加氢键

点击一下

它就自动加上氢了

大家可能会觉得我们比较难看

键长键角都不规律

没关系的

我们只要把这个界面退出了以后

随后sybyl会自动地对它进行初步的调整

画好了就直接退出

点击退出的键

它就会进行调整

但是这个调整并不是优化

还要对它进行优化

我们可以先进行命名

再优化

或者先优化再命名都可以

根据自己的一个操作习惯来进行

我现在要对它进行命名

命名的话就是双击选中

然后右键有一个重命名

这边小分子没有名字的情况下

都是认为他是none的

如果我们画了一个结构

把它命名成none也是不合适的

我们要给它准确的名字

这个名字可以是英文数字下划线的一个组合

可以只有英文

或者可以只有数字或者是拼音汉语也行

只要不出现汉语就可以

这边我们命名一个3数字

然后点击ok

命名完以后

要对它进行优化的

优化的地方是在菜单栏的第五个

点击一下

第一个就是优化

这边是优化分子

点击

这个就会进入到刚才提到的

结构优化时涉及到的一个参数

文献中提到的

他是把这个阶段值换成0.01

然后优化步数换成了1000

优化时候的一个立场是Tripos力场

然后电荷是GH电荷

设置好以后

这边点击OK

然后核对一下

刚才这个电荷是GH电荷立场是Tripos力场

然后这个阶段标准是0.001

然后优化的步数是1000

核对好没什么问题直接点击OK

它就会再进行优化了

优化的时候

小分子是全部被紫色的颜色覆盖着

它优化完了以后

下面会出现一个能量值

就是它优化以后得到的一个结构下能量

还会出现优化的时间

优化的时间长短是跟我们电脑配置有关系

如果电脑配置比较高的话

很快就会优化完

电脑配置不高

它就优化的很慢

这边其实还有个stop

就是可以随时停止你的优化

从这可以看出

我们优化用了30秒

就是还算比较长的

优化以后的化合物构象的能量是4.310

这边看一下就行了

一般从计算角度上来说

化合物结构的最低能量构象

可能就是它的生物活性构象

所以这就是优化的优点所在

我们必须要进行优化

以得到它的最小能量构象

优化好了以后

我们就把小分子都准备好

一共18个分子

要把每个分子画出来

重命名

然后优化

然后进行这样的一个准备

准备好了以后就可以来进行药效团模型的产生

下面我们给大家介绍一下怎么来进行药效团模型的产生

前提是我们已经画好了18个分子

也并且进行了优化

下一步就是来进行模型的产生

模型产生的话

也是在菜单栏倒数第五个Applications下面有一个

药效团叠合

这边有一个刚才在PPT里边提到的GALAHAD和GASP

这两个方法

我们用GALAHAD的方法

然后选中它点击一下

就可以跳转到GALAHAD的一个参数界面

首先我们要读入设置选择好的18个分子

在第一行这边

然后有三个点的按钮

我们点击一下

我们要选择保存的类型

就是SLN文件类型

18.hits 大家要注意

.hits文件后缀的这些化合物结构库

它是对应的是SLN文件类型

所以要对应好文件类型和后缀的文件

选中好以后点击OK

18个化合物都已经打开了

它是会以表格的形式打开的

打开以后界面都完成使命

我们直接返回就好

接着就设置产生药效团模型的一个参数

首先是这个地方改成路线中提到的二

把这个地方改成五

就让他的遗传算法的最大迭代次数小一点

还有这边是改成四

让他至少和四个分子符合这个模型就可以

下一步还要改的一个参数

就是在这个地方

advanced这个地方点击一下

就可以进入到这样的界面

首先要进行Freeze

这是刚性叠合还是柔性叠合的一个重要的窗口

把这个全选

全选的话就代表我们要进行刚性叠合

提交上去的化合物构象是什么样子的

它在叠合的时候就保持什么样不会发生变化

同样我们也可以不选

不选的话就代表是柔性叠合

柔性叠合的话

小分子的构象

提交上去的构象是什么样子的

再进行叠合的时候

还可以基于可旋转键进行不断的来回调整

已得到比较好的一个叠合构象

因为文献中提到它是用刚性叠合的

所以我们要进行全选

把这些分子都冻结住

其他的都是默认的就好了

第二个要给大家介绍的参数是这个地方就是

下拉箭头这个地方

这个是设置药效团特征的创建条件

比如说这是药效团在叠合的结构的0.8A范围内

进行创建产生药效团

就是说它们叠合以后会有一个叠合的中心

它是基于这个中心的0.8A

就是一个半径产生球状的

还有下面的特征的一个创建

它是代表在1.2A范围内

相同的药效团特征会合并成一个

比如说有一个疏水中心的药效团特征

A. 1个疏水的药效团特征

B. 如果这两个药效团特征只相距1.2A

那么他们就会自动的合并成一个疏水的药效团C

这是它参数的意思

大家在进行操作的时候

自己的体系研究的时候

这些参数都是可以不用改变的

使用它默认的就好

这两个参数修改好或者不修改

然后点击OK

就返还回了GALAHAD药效团产生的界面

这边参数也设置好

然后也进行设置刚性叠合

柔性叠合

下面就是要进行一个命名

就是给我们的运算结果命名

同样也是英文数字下划线这样的一个组合

必须要注意是下划线

不要是减号

减号的话会导致它的运算结果出现一个错误

我们命名好以后点击计算

就可以进行药效团结构的产生计算

所以就直接点击计算

等一段时间会出现结果