4.4.4 Comprehensive case IV -Analysis and interpretation在线视频

计算完成以后会出现这样的界面

同时还会有一个表单的界面

表单里边是对这个模型的一个参数进行介绍的

我们首先看一下的它的图形化的显示

然后再看一下它的各个参数的意思

首先

可以看到图中所显示的这些球状

就是代表我们计算结果产生的药效团

然后分布的这些

都是我们产生药效团模型的化合物结构

可以把这些化合物结构都隐藏掉

不让它显示

这边有一个不选

不选的话它就可以不显示

接着就可以把它只显示球心

因为它是半径比较大的

球状的药效团特征的一个显示

就可以只显示球心

球心的话就是在这个地方

下边的第三个选项

然后这边要选不选

这样的话它就只显示球心了

但是每个药效团特征它代表是什么意思呢

意思的一个显示的话在这边有一个模型信息

点击模型信息就可以看到它的每个解释

比如说DA_1他就是供体了

然后HY_9他是疏水中心等等

每一个药效团都有一个相应的解释

看完以后点击OK

同样要切换模型的话

也可以点击这个地方有一个左右的键

点击一下它就自动的切换到第二个模型了

大家可能会发现第二个模型

它的所有化合物结构都是用这种紫色的形式显示的

紫色的话是代表不匹配

就是说这些化合物结构的构象

和药效团特征不匹配

从观察角度来说

我们就不用选模型二

因为模型二的

药效团特征和所有化合物是构象是不匹配的

再点击一下

回到模型一

这是一个模型的查看

我们看完以后点击close关闭就好了

也可以把界面清空方便我们进行筛选

我刚才也提到

除了刚才的界面以外

还会有这样一个表单

这个表单里边是对这个模型的信息的描述

我们主要看的数值就是第一列这个数值

这个数值是越大越好

它是综合性的一个评价

药效团结果的好坏

理论计算角度来说

就是这个值越大

就代表这个模型能命中活性化合物的数目就越多

它的效率就越好

除了看第一行的值以外

还要看第二列的这个值

第二列的这个值是代表

和药效团匹配的化合物数目

不是提交了18个分子来进行药效团模型的产生

这个模型一它就和18个分子都匹配

然后模型二的话没有匹配的化合物

所以我们从这个数值的角度来说

我们还是要选择模型一来进行一个筛选

接着就是看第三列

第三列的话它是表示的提问结构中有几个药效团特征

就是那些球状的

它到底有几个

还有一个值就是能量值

这个能量值是越小越好

越小越代表这个模型比较准确

除了这四个值以外

我们还可以进行药效团真实的

筛选命中率的一个预测

就是我们有时候看文献会提到的一个富集率的计算

它主要就是说富集率值的计算方法

它主要就是用我们选定好的那几个药效团模型

来筛选我们自己构建的化合物库

化合物库里边包含我们已知的活性化合物

还有已知的非活性化合物

用我们的药效团去筛选化合物库里边

发现他能命中活性化物的数目有多少

命中非活性化物的数目有多少

当然是命中活性化合物的数目越多越好

通过命中率的值的一个计算

从而得到一个富集率

从富集率的一个角度来证明它的模型好坏

通过分析还有刚才的模型观察分析

我们发现模型一是比较好的药效团

所以我们就要把它

来进行一个药效团的虚拟筛选了

首先就是要选中

选中的话就是在一数字这儿点击一下

让整行都被蓝色的一个标注出来

选中以后我们点击PMA

下方倒数第三个有一个创建提问结构

点击

然后这边就是要选择一个层

因为它会把sybyl的主界面黑色的屏幕分成十几个层

每一层都可以放东西

首先我们看第一层已经放上东西了

所以选择其他的空的层

然后点击第二层

然后点击OK

就可以看到它的在黑色的主屏幕里边会出现药效团

我们接下来就是以药效团来筛选ZINC数据库

筛选的时候操作就是在sybyl主屏幕中间

表单都已经完成使命了

可以把它最小化

读入进来

然后就是在菜单栏的倒数第三个

UNITY

下边有第三个是开始筛选的操作

点击一下

它会加载进去来筛选的界面筛选的时候

第一个就是我们的模型名称是模型一是对的

然后接着就是筛选的一个参数

文献中用到的两个参数

一个就是这个地方

要设置的是柔性筛选

就选择第三个

点击这个地方可以来回的切换

柔性筛选

然后设置的筛选的参数

这边它是默认的

我们要指定一下

让它不进行类药物规则筛选

点击后边的这个按键

它就会跳出来

它筛选的时候会默认地进行哪些参数的一个设置

比如说类药物规则

默认情况下

它在进行药效团筛选地同时也进行类药物规则筛选

我们这边把类药物规则给取消

为了筛选的速度提高上去

点击no

规则就可以忽略掉

在筛选的时候就自动忽略

点击OK

这是一个筛选参数的设置

接下来就是要设置读入化合物库

就是ZINC数据库

我们点击一下SIN文件这个地方

然后在他后边有按钮

点击

选择hits文件

刚才也介绍了.hits文件后缀的这些文件

都是用SLN格式的文件类型来进行读入的

所以我们就选中它

点击OK

设置好以后就直接命名

点击OK进行计算就好

界面的操作比较简单

主要就是设置了一个筛选类型

要设置什么样的一个参数

接着就是把化合物库

数据库里边就是ZINC数据库里边

下载的结构小分子给读入进来

第三个就是要设置命名

命名的话也是英文数字下划线的一个组合

不能出现中文

所以这边我们就设置成P10_07

然后点击OK就可以进行筛选了

提交好以后

下面会提示说提交成功

同样我们还可以接着提交第二个

也是在这个地方点击

然后进入其他的地方都不用改

因为它有一个记录的功能

我们第一次设置什么参数

第二次进来的时候还是会保持原来参数不变的

我们就在这边改一下他的数据库

改成第二个

然后同样命名

点击OK再提交

我们可以把所有都提交上去

提交上去以后所有的筛选流程都会同时下降

因为会同时分担一个cpu

就是要平分他们的每个计算时间

大家会发现我们提交了以后

看不到他的一个筛选进度

他完成了多少

什么时候完成了

什么时候才能看结果等等

这是看不到的

这边第三个菜单点击一下方

然后开始筛选

这下方有一个筛选管理

我们点击一下这个地方

就可以看到它的一个筛选进度条

这边完成百分之百的话

代表是筛选完成

然后这个状态完成的话就会写成complete完成

然后hits就是我们筛选的时候

命中了多少个化合物结构

不用盯着进度条

可以把进度条关掉

把这个界面最小化

偶尔想到看进度

再调出来就可以

我们如果看到他没有变

我们就点击一下这个更新

它就会自动的更新到它到底筛选到多少

筛选完了以后我们就进行分析

不用筛选完

也可以进行分析

比如说我们现在命中20个

就可以先针对这20个进行结果的查看

结果查看的时候

就是要选中我们想要查看的那一行

然后点击下方有一个

读入表单的一个按键

点击

它会把我们刚才命中的这20个分子

以表单的形式打开

这是这20个分子

我们刚才也提到了一个QFIT值

这个值是代表

这些化合物与药效团的匹配程度

这个值越大越好

文献中是把QFIT值设置成大于60

目前只筛中了27个

这27个化合物中的QFIT值最大值是多少

查看QFIT值的一个大小排序的话

可以点击一下这个地方

它就会出现一个箭头

往上点往下点

它就会从小到大从大到小的一个排列

从这可以看出

我们筛选到的这些化合物里边

最大值就只有42.57

这是因为还没有筛选完

筛选完了以后会出现QFIT值大于60的那些化合物结构

我们这边就进行一个筛选

我们把所有化合物都给出了一个QFIT值

我们只想要QFIT值大于60的那几个化合物结构

筛选的时候

设置的就是操作主要是从

表单里面来进行的

表单里边这边有一个漏斗

点击一下

这个就是一个设置筛选条件的一个界面

填筛选条件的设置

首先就是要添加规则

点击一下

然后这边要下拉选择一个值

要选择QFIT值

然后它的一个条件是多少

让它大于等于

然后该值文献中是60

这边设置成40

设置好以后

我们点击应用筛选

这样的话就只剩下我们想要的化合物结构了

从这个表单里边我们可以看出它只显示成了一个

但是其实这个表单它保存的还是有27个化合物结构

所以我们就要把这个化合物给它

单独保存成一个小分子

就是要把它选中

然后右键有一个把化合物结构放入sybyl主界面的一个操作

就是倒数第三个点击

这个就是我们的化合物结构

化合物结构这些就是它的药效团特征

它会在要把药效团特征也标注出来

但是没关系

我们直接导出保存成小分子化合物的一个形式也就行

我们保存的话

这个地方是导出的一个地方

我们点击导出

对着单个化合物结构进行保存

点击导出

这边会有显示的一个类型

首先看我们这边屏幕中间是有两个的

一个是模型一

是药效团特征

第二个才是化合物结构

我们要选中第二个化合物结构

选中了以后

这个只有一个化合物结构名称

给它一个保存的路径

要点击后边三个点的按钮

看一下我们要保存在这个地方

点击OK

他前面就加载出来的一个路径

有路径的情况下才能保存成功

如果没有这个路径的话

小分子化合物保存就会失败

所以要非常注意这边是否有路径

设置好以后我们点击保存

因为以前保存过

直接覆盖

点击yes就好

这个时候我们的

命中的化合物结构都已经保存成功了

这堂课所要讲的所有内容就是进行了案例的重现

案例重现时

大家会发现药效团的得分

这里边的得分值和文献报道的会有一点差别

文献中提到的模型值是3.65

这次计算得到的是4.22

差别不一样的原因主要有两点

一个是使用软件的版本不太一样

另外一个就是使用不同电脑计算出来的结果会有一些偏差

这是计算可以允许的

也就是说你的计算结果别人是无法重复出来的

因为它除了参数设置情况以外

还跟你的电脑的各种配置有关系

所以这个值大家都不必要纠结

根据自己算的结果来进行分析就好

这是这次所讲的所有内容

谢谢大家